273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1889 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 407 aa  805    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  56.68 
 
 		 386 aa  390  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  52.41 
 
 		 382 aa  366  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  50.39 
 
 		 386 aa  333  3e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  53.5 
 
 		 383 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  49.07 
 
 		 379 aa  315  9.999999999999999e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  46.05 
 
 		 385 aa  302  5.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  48.46 
 
 		 366 aa  295  8e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  46.48 
 
 		 390 aa  288  9e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  45.79 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  45.92 
 
 		 392 aa  277  2e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  44.27 
 
 		 387 aa  270  4e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  47.24 
 
 		 390 aa  270  4e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  42.93 
 
 		 407 aa  267  2e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  42.16 
 
 		 418 aa  262  8e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  45.05 
 
 		 386 aa  257  3e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  43.14 
 
 		 381 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  42.86 
 
 		 381 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  50 
 
 		 394 aa  246  6.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  48.55 
 
 		 389 aa  230  3e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  40.38 
 
 		 383 aa  229  8e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  35.65 
 
 		 381 aa  227  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  35.65 
 
 		 381 aa  227  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  35.09 
 
 		 381 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  34.56 
 
 		 381 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  35.38 
 
 		 381 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  34.21 
 
 		 399 aa  220  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  32.21 
 
 		 388 aa  220  3e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.1 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  36.42 
 
 		 377 aa  216  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  32.73 
 
 		 381 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.1 
 
 		 400 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  33.86 
 
 		 380 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  32.69 
 
 		 381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  33.59 
 
 		 381 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.42 
 
 		 400 aa  212  9e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  33.88 
 
 		 379 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  33.79 
 
 		 381 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  33.68 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  31.96 
 
 		 385 aa  204  3e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  33.54 
 
 		 385 aa  202  9e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  33.54 
 
 		 385 aa  202  9e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  33.54 
 
 		 385 aa  202  9e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  33.84 
 
 		 385 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  34.15 
 
 		 385 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  33.54 
 
 		 385 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  33.54 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  33.23 
 
 		 385 aa  200  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  33.54 
 
 		 385 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  28.76 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  34.53 
 
 		 375 aa  191  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  27.42 
 
 		 374 aa  189  5e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  36.54 
 
 		 379 aa  186  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  31.52 
 
 		 371 aa  182  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  32.11 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  34.74 
 
 		 381 aa  180  4.999999999999999e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  27.7 
 
 		 373 aa  175  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  27.7 
 
 		 373 aa  175  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  30.36 
 
 		 383 aa  171  3e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  34.01 
 
 		 410 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  30.39 
 
 		 409 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  33.44 
 
 		 410 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  28.46 
 
 		 402 aa  151  2e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  30.14 
 
 		 407 aa  150  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  30.14 
 
 		 407 aa  149  7e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  31.92 
 
 		 414 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  35.93 
 
 		 406 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  31 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  28.93 
 
 		 405 aa  144  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  32.71 
 
 		 423 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  32.44 
 
 		 410 aa  142  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  29.68 
 
 		 506 aa  140  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  31.87 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  37.36 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  30 
 
 		 412 aa  136  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  35.13 
 
 		 409 aa  136  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  33.24 
 
 		 392 aa  135  9e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  30.23 
 
 		 414 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  30.23 
 
 		 414 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  30.23 
 
 		 414 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  34.9 
 
 		 406 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  29.63 
 
 		 408 aa  133  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  29.41 
 
 		 409 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  35.48 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  30.95 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  29.02 
 
 		 425 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  28.06 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  27.16 
 
 		 483 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  32.41 
 
 		 401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  32.72 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  31.53 
 
 		 404 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>