195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1585 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  93.45 
 
 
412 aa  778    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  75.6 
 
 
414 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 
412 aa  830    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  77.78 
 
 
414 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  93.93 
 
 
412 aa  781    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  93.93 
 
 
412 aa  783    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  75.12 
 
 
414 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  69.01 
 
 
409 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  68.77 
 
 
409 aa  557  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  56.34 
 
 
418 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  38.22 
 
 
467 aa  290  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  35.41 
 
 
414 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  40.34 
 
 
417 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  40.24 
 
 
428 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  40.38 
 
 
419 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  38.36 
 
 
407 aa  264  2e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  33.87 
 
 
425 aa  208  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  35.56 
 
 
423 aa  203  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  35.51 
 
 
415 aa  195  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  36.03 
 
 
404 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  33.09 
 
 
408 aa  193  4e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  36.19 
 
 
506 aa  193  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  35.23 
 
 
415 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  32.41 
 
 
410 aa  191  2e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  34.36 
 
 
415 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  35.36 
 
 
409 aa  190  4e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  33.98 
 
 
411 aa  190  4e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.83 
 
 
416 aa  189  5.999999999999999e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  32.58 
 
 
515 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  34.49 
 
 
414 aa  188  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  33.24 
 
 
442 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  31.54 
 
 
414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  33.51 
 
 
418 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  35.63 
 
 
406 aa  183  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  34.52 
 
 
408 aa  181  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  33.88 
 
 
414 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  34.02 
 
 
410 aa  180  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  34.39 
 
 
410 aa  179  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  31.07 
 
 
409 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  34.58 
 
 
425 aa  176  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  31.39 
 
 
412 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  33.71 
 
 
410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  36.46 
 
 
537 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  31.54 
 
 
498 aa  171  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  32.57 
 
 
400 aa  170  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  30.95 
 
 
408 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  34.86 
 
 
414 aa  170  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  32.82 
 
 
400 aa  170  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  34.44 
 
 
414 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  34.86 
 
 
414 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  30.16 
 
 
483 aa  170  6e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  32.57 
 
 
400 aa  169  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  32.57 
 
 
400 aa  169  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  32.57 
 
 
400 aa  169  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  32.57 
 
 
400 aa  169  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  32.57 
 
 
400 aa  169  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  32.57 
 
 
400 aa  169  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  32.57 
 
 
400 aa  168  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  30.62 
 
 
410 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  33.24 
 
 
401 aa  163  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  29.72 
 
 
410 aa  162  1e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.45 
 
 
528 aa  161  2e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  32.6 
 
 
400 aa  160  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  32.69 
 
 
400 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  34.59 
 
 
517 aa  159  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  32.6 
 
 
400 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  32.97 
 
 
400 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  32.42 
 
 
400 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  36.46 
 
 
406 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  34.8 
 
 
393 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  31.01 
 
 
381 aa  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  31.12 
 
 
392 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  29.53 
 
 
425 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  37.69 
 
 
386 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  34.58 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  33.07 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  31.17 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  29.54 
 
 
390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  28.81 
 
 
385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.43 
 
 
418 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.47 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  34.06 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  36.3 
 
 
389 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  32.86 
 
 
409 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  30.73 
 
 
381 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  34.06 
 
 
381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  31 
 
 
385 aa  127  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  30.73 
 
 
381 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  30.7 
 
 
385 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.18 
 
 
381 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.23 
 
 
400 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  32.92 
 
 
381 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  32.92 
 
 
381 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  28.94 
 
 
388 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  33.03 
 
 
399 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  33.33 
 
 
366 aa  123  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  28.91 
 
 
385 aa  123  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  29.7 
 
 
375 aa  123  7e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.33 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  33.22 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>