200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03136 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  100 
 
 		 515 aa  1060    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  53.42 
 
 		 483 aa  502  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  52.76 
 
 		 414 aa  470  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  52.91 
 
 		 414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  52.91 
 
 		 414 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  52.91 
 
 		 414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  53.44 
 
 		 423 aa  451  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  48.31 
 
 		 408 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  47.58 
 
 		 412 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  51.64 
 
 		 410 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  48.39 
 
 		 410 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  46.84 
 
 		 442 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  50.84 
 
 		 410 aa  431  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  48.96 
 
 		 404 aa  413  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  46.48 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  46.48 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  46.48 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  46.48 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  46.37 
 
 		 400 aa  395  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  46.48 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  46.48 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  46.26 
 
 		 400 aa  394  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  46.26 
 
 		 400 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  46.44 
 
 		 506 aa  391  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  45.73 
 
 		 414 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  49.42 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  49.19 
 
 		 400 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  49.19 
 
 		 400 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  48.96 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  47.24 
 
 		 401 aa  385  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  48.96 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  47.07 
 
 		 406 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  44.99 
 
 		 425 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  45.22 
 
 		 406 aa  356  5e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  42.73 
 
 		 425 aa  340  2.9999999999999998e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  50 
 
 		 408 aa  317  3e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  37.24 
 
 		 418 aa  295  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  37.18 
 
 		 409 aa  282  1e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  35.86 
 
 		 414 aa  278  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  35.95 
 
 		 409 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  38.67 
 
 		 411 aa  259  7e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  34.92 
 
 		 498 aa  258  2e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  34.29 
 
 		 410 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  38.03 
 
 		 416 aa  253  8.000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  35.25 
 
 		 408 aa  250  4e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  34.12 
 
 		 410 aa  246  9.999999999999999e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  33.5 
 
 		 410 aa  239  8e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  42.18 
 
 		 537 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  41.2 
 
 		 517 aa  230  5e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  41.2 
 
 		 528 aa  229  9e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  32.62 
 
 		 409 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  32.55 
 
 		 409 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  34.17 
 
 		 412 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  34.17 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  32.08 
 
 		 412 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  32.58 
 
 		 412 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  30.02 
 
 		 467 aa  184  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.99 
 
 		 414 aa  177  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  29.34 
 
 		 414 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  35.2 
 
 		 414 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  29.11 
 
 		 414 aa  167  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  31.46 
 
 		 417 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.28 
 
 		 418 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  34.19 
 
 		 407 aa  160  4e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  30.75 
 
 		 419 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.48 
 
 		 428 aa  160  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  30.48 
 
 		 381 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  30.49 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  30.55 
 
 		 381 aa  137  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  28.9 
 
 		 390 aa  136  9e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  29.64 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  30.16 
 
 		 381 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  30.16 
 
 		 381 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.27 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  29.84 
 
 		 381 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  29.84 
 
 		 381 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  28.53 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.19 
 
 		 418 aa  127  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  30.07 
 
 		 415 aa  127  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  29.33 
 
 		 387 aa  126  9e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  30.52 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  32.27 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.42 
 
 		 400 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.19 
 
 		 400 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  29.7 
 
 		 387 aa  125  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  28.99 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.97 
 
 		 400 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  29.81 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  28.95 
 
 		 415 aa  125  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  30.1 
 
 		 381 aa  124  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  27 
 
 		 381 aa  123  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  30.1 
 
 		 415 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  30.38 
 
 		 392 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  28.49 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.46 
 
 		 407 aa  122  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0858  putative Exonuclease SbcD homolog  32.04 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  30.23 
 
 		 393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  27.78 
 
 		 399 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  30 
 
 		 382 aa  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  29.97 
 
 		 382 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>