209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1979 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  75.37 
 
 		 410 aa  639    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 409 aa  829    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  59.32 
 
 		 418 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  60.87 
 
 		 414 aa  505  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  58.19 
 
 		 409 aa  501  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  50.22 
 
 		 498 aa  444  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  53.06 
 
 		 408 aa  433  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  53.2 
 
 		 416 aa  433  1e-120  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  50.24 
 
 		 410 aa  424  1e-117  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  50.85 
 
 		 410 aa  422  1e-117  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  52.7 
 
 		 411 aa  413  1e-114  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  55.07 
 
 		 517 aa  323  2e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  55.07 
 
 		 528 aa  322  6e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  55.27 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  38.59 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  39.51 
 
 		 404 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  40.67 
 
 		 414 aa  290  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  39.53 
 
 		 410 aa  285  7e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  37.6 
 
 		 408 aa  280  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  36.95 
 
 		 412 aa  280  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  36.71 
 
 		 414 aa  280  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  40.24 
 
 		 406 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  36.47 
 
 		 414 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  36.47 
 
 		 414 aa  277  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  37.99 
 
 		 401 aa  277  3e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  38.08 
 
 		 400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  38.08 
 
 		 400 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  38.46 
 
 		 408 aa  273  3e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  38.08 
 
 		 400 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  38.08 
 
 		 400 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  36.47 
 
 		 414 aa  272  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  37.84 
 
 		 400 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  38.18 
 
 		 400 aa  269  7e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  36.49 
 
 		 423 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  37.93 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  37.93 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  37.93 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  37.93 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  37.93 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  37.93 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  37.93 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  37.77 
 
 		 425 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  37.93 
 
 		 400 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  38.16 
 
 		 410 aa  264  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  35.95 
 
 		 515 aa  263  4e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  36.34 
 
 		 442 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  37.11 
 
 		 410 aa  258  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  33.04 
 
 		 483 aa  256  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  39.46 
 
 		 406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  35.04 
 
 		 506 aa  244  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  32.94 
 
 		 414 aa  189  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  31.97 
 
 		 409 aa  186  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  32.55 
 
 		 409 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  36.83 
 
 		 417 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  31.07 
 
 		 412 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  31.31 
 
 		 412 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  31.31 
 
 		 412 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  31.31 
 
 		 412 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.74 
 
 		 428 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  30.1 
 
 		 407 aa  174  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  33.02 
 
 		 467 aa  170  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  36.95 
 
 		 419 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  31.96 
 
 		 414 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.22 
 
 		 414 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  31.67 
 
 		 414 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.91 
 
 		 418 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  31.54 
 
 		 392 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  34.83 
 
 		 393 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  39.21 
 
 		 407 aa  151  2e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0858  putative Exonuclease SbcD homolog  28.34 
 
 		 413 aa  148  2.0000000000000003e-34  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  33.93 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  37 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  34.01 
 
 		 382 aa  144  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  33.43 
 
 		 387 aa  144  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  35 
 
 		 415 aa  143  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  36.67 
 
 		 415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  33.8 
 
 		 382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  33.83 
 
 		 390 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  30.36 
 
 		 377 aa  136  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.65 
 
 		 387 aa  136  6.0000000000000005e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  34.88 
 
 		 425 aa  136  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  35.81 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.02 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  35.03 
 
 		 386 aa  134  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  30.16 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  31.95 
 
 		 379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  35.12 
 
 		 394 aa  129  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5895  nuclease SbcCD, D subunit  29.95 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000840952  normal  0.0299962 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  32.74 
 
 		 392 aa  127  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  27.21 
 
 		 406 aa  126  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.94 
 
 		 418 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  29.6 
 
 		 381 aa  125  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  28.38 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  29.76 
 
 		 435 aa  124  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  31.64 
 
 		 380 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.21 
 
 		 381 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.34 
 
 		 386 aa  123  8e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  33.82 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  33.57 
 
 		 375 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  32.85 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>