201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3442 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  100 
 
 		 483 aa  1005    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  59.51 
 
 		 414 aa  543  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  53.42 
 
 		 515 aa  502  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  51.33 
 
 		 442 aa  457  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  50 
 
 		 412 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  50.66 
 
 		 410 aa  452  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  50.22 
 
 		 408 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  50.55 
 
 		 410 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  50.67 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  50.67 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  50.67 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  48.67 
 
 		 423 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  51.67 
 
 		 410 aa  434  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  47.68 
 
 		 414 aa  403  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  47.14 
 
 		 404 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  44.37 
 
 		 406 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  46.91 
 
 		 401 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  45.74 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  45.74 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  45.74 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  45.74 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  45.52 
 
 		 400 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  45.74 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  45.74 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  45.74 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  46.15 
 
 		 400 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  44.23 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  47.37 
 
 		 400 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  47.37 
 
 		 400 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  45.71 
 
 		 425 aa  375  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  47.14 
 
 		 400 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  47.37 
 
 		 400 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  47.37 
 
 		 400 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  41.08 
 
 		 425 aa  350  3e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  44.16 
 
 		 406 aa  349  6e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  40.71 
 
 		 408 aa  345  1e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  35.31 
 
 		 418 aa  281  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  34.65 
 
 		 414 aa  273  5.000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  34.37 
 
 		 408 aa  263  6e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  32.82 
 
 		 410 aa  259  6e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  33.04 
 
 		 409 aa  256  5e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.7 
 
 		 528 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  33.19 
 
 		 409 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.48 
 
 		 416 aa  251  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  37.33 
 
 		 498 aa  249  1e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  33.48 
 
 		 411 aa  246  6e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  34.12 
 
 		 410 aa  243  5e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  40.97 
 
 		 517 aa  232  1e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  41.72 
 
 		 537 aa  231  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  32.16 
 
 		 410 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  30.41 
 
 		 412 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  30.8 
 
 		 414 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  31.48 
 
 		 412 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  30.41 
 
 		 412 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  30.15 
 
 		 414 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.86 
 
 		 414 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  29.61 
 
 		 417 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  28.51 
 
 		 467 aa  173  5e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  29.62 
 
 		 409 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  30.16 
 
 		 412 aa  170  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  27.51 
 
 		 414 aa  169  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  29.21 
 
 		 409 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  31.56 
 
 		 407 aa  164  4.0000000000000004e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.14 
 
 		 418 aa  161  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  28.57 
 
 		 390 aa  141  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  30.91 
 
 		 379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  30.12 
 
 		 379 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  28.4 
 
 		 377 aa  137  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  29.88 
 
 		 415 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  30.2 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  29.57 
 
 		 415 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  30.91 
 
 		 388 aa  127  5e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  29.62 
 
 		 381 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  30.45 
 
 		 392 aa  127  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  28.12 
 
 		 386 aa  126  9e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  27.41 
 
 		 380 aa  126  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  30.66 
 
 		 393 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  27.9 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.1 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  29.25 
 
 		 366 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  31.65 
 
 		 379 aa  124  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  28.39 
 
 		 381 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  28.08 
 
 		 381 aa  123  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  28.08 
 
 		 381 aa  123  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  28.08 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  28.39 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  28.39 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  27.83 
 
 		 407 aa  121  3e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  28.39 
 
 		 390 aa  120  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  28.03 
 
 		 381 aa  120  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  26.58 
 
 		 385 aa  120  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  26.27 
 
 		 407 aa  119  9e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  30.12 
 
 		 407 aa  119  9e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  29.73 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  26.2 
 
 		 382 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.68 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  28.33 
 
 		 399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  26.9 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  29.82 
 
 		 407 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  29.11 
 
 		 382 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>