281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05653 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  88.06 
 
 		 377 aa  701    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  100 
 
 		 379 aa  782    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  68.78 
 
 		 379 aa  566  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  51.85 
 
 		 381 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  50.53 
 
 		 381 aa  395  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  50.4 
 
 		 381 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  50.4 
 
 		 381 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  50.92 
 
 		 400 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  50.92 
 
 		 400 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  50.4 
 
 		 381 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  52.27 
 
 		 381 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  50.4 
 
 		 381 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  50.4 
 
 		 381 aa  393  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  49.21 
 
 		 399 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  50.39 
 
 		 400 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  47.47 
 
 		 380 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  45.57 
 
 		 381 aa  342  8e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  41.71 
 
 		 388 aa  312  6.999999999999999e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  40 
 
 		 385 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  41.27 
 
 		 383 aa  300  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  39.48 
 
 		 385 aa  300  2e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  41.44 
 
 		 381 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  40.16 
 
 		 385 aa  299  6e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  39.38 
 
 		 385 aa  295  8e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  39.38 
 
 		 385 aa  295  8e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  39.38 
 
 		 385 aa  295  8e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  39.12 
 
 		 385 aa  294  1e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  39.48 
 
 		 385 aa  294  1e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  39.38 
 
 		 385 aa  295  1e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  38.7 
 
 		 385 aa  294  2e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  40.05 
 
 		 381 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  35.88 
 
 		 374 aa  259  5.0000000000000005e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  35.77 
 
 		 386 aa  246  6e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  38.06 
 
 		 375 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  36.05 
 
 		 385 aa  243  3e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  34.31 
 
 		 374 aa  234  2.0000000000000002e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  37.07 
 
 		 366 aa  225  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  34.67 
 
 		 373 aa  224  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  34.67 
 
 		 373 aa  224  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  38.77 
 
 		 379 aa  221  9.999999999999999e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  34 
 
 		 390 aa  219  6e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.5 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  33.77 
 
 		 386 aa  215  8e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  31.48 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  31.35 
 
 		 375 aa  211  2e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  35 
 
 		 320 aa  210  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  35.25 
 
 		 383 aa  207  2e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  33.84 
 
 		 390 aa  206  5e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  32.72 
 
 		 379 aa  206  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  34.85 
 
 		 382 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  33.52 
 
 		 407 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  35.35 
 
 		 392 aa  200  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  35.36 
 
 		 407 aa  198  1.0000000000000001e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.85 
 
 		 387 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  31.71 
 
 		 409 aa  194  2e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  30.87 
 
 		 381 aa  192  8e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.23 
 
 		 418 aa  188  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  36.28 
 
 		 394 aa  184  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  29.59 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  35.53 
 
 		 402 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  27.32 
 
 		 371 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  37.06 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  28.68 
 
 		 392 aa  163  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  30.37 
 
 		 383 aa  159  6e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  32.09 
 
 		 410 aa  151  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  29.18 
 
 		 393 aa  144  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  32.55 
 
 		 410 aa  142  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  30.26 
 
 		 414 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  29.73 
 
 		 414 aa  139  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  30.77 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  30.77 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  30.77 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  30.12 
 
 		 483 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  30.2 
 
 		 400 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  30.98 
 
 		 400 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  29.87 
 
 		 400 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  32.73 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  30.98 
 
 		 400 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  32.57 
 
 		 425 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  29.73 
 
 		 400 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  28.12 
 
 		 408 aa  133  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  31.02 
 
 		 412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.17 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  30.48 
 
 		 498 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  27.58 
 
 		 425 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  31.25 
 
 		 414 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  30.36 
 
 		 408 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  30.77 
 
 		 423 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  31.37 
 
 		 418 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  24.38 
 
 		 407 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  25.06 
 
 		 409 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  29.1 
 
 		 410 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  24.38 
 
 		 407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  33.09 
 
 		 409 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  29.24 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  29.97 
 
 		 442 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  30.7 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  32.38 
 
 		 412 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  29.81 
 
 		 515 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  28.04 
 
 		 400 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>