268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0917 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  100 
 
 		 374 aa  763    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  65.15 
 
 		 373 aa  515  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  65.15 
 
 		 373 aa  515  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.1 
 
 		 381 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  31.73 
 
 		 381 aa  255  9e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  36.07 
 
 		 388 aa  247  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  34.34 
 
 		 381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  32.63 
 
 		 381 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  34.02 
 
 		 385 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  34.02 
 
 		 385 aa  238  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  34.02 
 
 		 385 aa  237  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  34.02 
 
 		 385 aa  237  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  34.02 
 
 		 385 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  33.76 
 
 		 385 aa  237  2e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  37.07 
 
 		 380 aa  238  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  34.25 
 
 		 381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.07 
 
 		 400 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 385 aa  235  8e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.07 
 
 		 400 aa  235  9e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  33.07 
 
 		 385 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  33.85 
 
 		 385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  34.31 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  33.93 
 
 		 385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  36.14 
 
 		 381 aa  229  7e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.3 
 
 		 400 aa  229  8e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  33.51 
 
 		 377 aa  228  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  33.25 
 
 		 399 aa  227  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  35.4 
 
 		 379 aa  226  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  32.35 
 
 		 381 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  32.09 
 
 		 381 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  32.09 
 
 		 381 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  32.8 
 
 		 381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  31.82 
 
 		 381 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  29.16 
 
 		 383 aa  220  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  37.4 
 
 		 374 aa  220  3e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  31.48 
 
 		 372 aa  215  8e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  32.56 
 
 		 375 aa  206  5e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  32.73 
 
 		 390 aa  199  5e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  29.36 
 
 		 386 aa  193  5e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  35.05 
 
 		 402 aa  187  3e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  28.46 
 
 		 381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  27.15 
 
 		 407 aa  180  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  27.27 
 
 		 386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  28.48 
 
 		 385 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  28.71 
 
 		 366 aa  173  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  26.33 
 
 		 379 aa  173  5.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.48 
 
 		 386 aa  172  6.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  25.78 
 
 		 390 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  28.31 
 
 		 371 aa  169  6e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  26.96 
 
 		 375 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  27.03 
 
 		 392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  27.08 
 
 		 379 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  28.22 
 
 		 409 aa  161  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  25.92 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  28.07 
 
 		 393 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  25.79 
 
 		 382 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  29.97 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  28.79 
 
 		 383 aa  155  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  26.76 
 
 		 392 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  27.94 
 
 		 383 aa  152  8.999999999999999e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  26.41 
 
 		 418 aa  151  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  27.19 
 
 		 389 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  25.32 
 
 		 394 aa  146  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  24.32 
 
 		 407 aa  142  9.999999999999999e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  27.66 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  24.81 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  26.17 
 
 		 409 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  30.13 
 
 		 435 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  31.68 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  30.92 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  27.22 
 
 		 408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  27.24 
 
 		 387 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  26.65 
 
 		 410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.34 
 
 		 418 aa  119  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  27.42 
 
 		 425 aa  119  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  31.23 
 
 		 406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5895  nuclease SbcCD, D subunit  27.88 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000840952  normal  0.0299962 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  25.14 
 
 		 407 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  25.14 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  23.68 
 
 		 410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  26 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  26.15 
 
 		 412 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  25.66 
 
 		 414 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  26.91 
 
 		 404 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  29.59 
 
 		 412 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  29.59 
 
 		 412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  27.54 
 
 		 414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  28.43 
 
 		 515 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  29.59 
 
 		 412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  26.97 
 
 		 442 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  28.05 
 
 		 418 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.89 
 
 		 414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  28.12 
 
 		 380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  28.85 
 
 		 414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  25.74 
 
 		 425 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  27.48 
 
 		 409 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  29.33 
 
 		 425 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  27.24 
 
 		 408 aa  108  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  27.82 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0983  nuclease SbcCD subunit D  29.07 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>