298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1245 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 375 aa  772    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  45.79 
 
 		 381 aa  358  9e-98  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  44.36 
 
 		 388 aa  313  2.9999999999999996e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  37.5 
 
 		 409 aa  281  1e-74  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  37.93 
 
 		 381 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  37.93 
 
 		 381 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  38.62 
 
 		 381 aa  263  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  38.79 
 
 		 381 aa  261  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  37.67 
 
 		 381 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  37.67 
 
 		 381 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  37.14 
 
 		 381 aa  261  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  37.97 
 
 		 381 aa  258  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.13 
 
 		 400 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  39.84 
 
 		 383 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  37.27 
 
 		 381 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.86 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.6 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  37.04 
 
 		 374 aa  251  2e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  35.16 
 
 		 399 aa  248  8e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  35 
 
 		 385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  36.41 
 
 		 380 aa  245  8e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  35.77 
 
 		 385 aa  245  9e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  35.77 
 
 		 385 aa  245  9e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.2 
 
 		 381 aa  245  9e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  35.77 
 
 		 385 aa  245  9e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  35.77 
 
 		 385 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  35.51 
 
 		 385 aa  243  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  35.51 
 
 		 385 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  35.25 
 
 		 385 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  36.43 
 
 		 385 aa  242  9e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  35.32 
 
 		 385 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  35.17 
 
 		 381 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  34.55 
 
 		 386 aa  219  8.999999999999998e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  31.23 
 
 		 379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  32.9 
 
 		 377 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  31.35 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  34.3 
 
 		 373 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  34.3 
 
 		 373 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  32.56 
 
 		 374 aa  206  5e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.82 
 
 		 386 aa  203  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  31.48 
 
 		 385 aa  199  5e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  34.03 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  31.58 
 
 		 371 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.73 
 
 		 387 aa  196  8.000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  34.45 
 
 		 375 aa  192  8e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.4 
 
 		 390 aa  192  9e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.11 
 
 		 386 aa  190  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  35.08 
 
 		 366 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  31.48 
 
 		 379 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  34.52 
 
 		 407 aa  181  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  33.43 
 
 		 390 aa  180  4.999999999999999e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  33.62 
 
 		 392 aa  179  4.999999999999999e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  33.01 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  34.04 
 
 		 379 aa  176  8e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  30.22 
 
 		 407 aa  171  1e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  31.08 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  33.16 
 
 		 394 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  30.83 
 
 		 383 aa  170  4e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.76 
 
 		 418 aa  169  6e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  34.77 
 
 		 402 aa  168  1e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  27.96 
 
 		 390 aa  166  9e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  31.59 
 
 		 383 aa  159  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  29.72 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  30.18 
 
 		 392 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  30 
 
 		 409 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5895  nuclease SbcCD, D subunit  28.3 
 
 		 408 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000840952  normal  0.0299962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  31.25 
 
 		 409 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.55 
 
 		 418 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  32.61 
 
 		 393 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  25.06 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  30.59 
 
 		 412 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  30.59 
 
 		 412 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  30.59 
 
 		 412 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  29.7 
 
 		 412 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  29.72 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  28.78 
 
 		 405 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  28.1 
 
 		 425 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  29.3 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  27.63 
 
 		 409 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  24.2 
 
 		 387 aa  114  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  33 
 
 		 425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  30.36 
 
 		 411 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.14 
 
 		 414 aa  113  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  30.07 
 
 		 418 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.41 
 
 		 528 aa  112  9e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  29.59 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  29.83 
 
 		 414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0858  putative Exonuclease SbcD homolog  28.48 
 
 		 413 aa  110  5e-23  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  28.47 
 
 		 515 aa  109  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  27.39 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  25.74 
 
 		 410 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  27.85 
 
 		 483 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  28.33 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  28.52 
 
 		 406 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  29.71 
 
 		 425 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  24.2 
 
 		 410 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  28.52 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  29.33 
 
 		 407 aa  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.77 
 
 		 416 aa  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  29.33 
 
 		 407 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>