241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0453 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  100 
 
 		 379 aa  781    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  68.78 
 
 		 379 aa  566  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  68.17 
 
 		 377 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  54.13 
 
 		 381 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  53.17 
 
 		 381 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  53.44 
 
 		 381 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  52.91 
 
 		 381 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  53.56 
 
 		 381 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  51.2 
 
 		 381 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  52.65 
 
 		 381 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  52.65 
 
 		 381 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  51.32 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  51.32 
 
 		 400 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  51.05 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  50 
 
 		 399 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  51.06 
 
 		 380 aa  379  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  48.95 
 
 		 381 aa  363  4e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  41.28 
 
 		 388 aa  311  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  42.63 
 
 		 381 aa  302  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  39.58 
 
 		 385 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  39.84 
 
 		 385 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  39.84 
 
 		 385 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  39.84 
 
 		 385 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  39.84 
 
 		 385 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  39.31 
 
 		 385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  39.84 
 
 		 385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  39.84 
 
 		 385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  39.58 
 
 		 385 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  39.31 
 
 		 385 aa  281  2e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  41.53 
 
 		 381 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  38.73 
 
 		 383 aa  273  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  35.37 
 
 		 374 aa  247  2e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  35.4 
 
 		 374 aa  226  6e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  36.98 
 
 		 366 aa  225  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  36.87 
 
 		 375 aa  223  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  33.51 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  33.51 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  35.45 
 
 		 385 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  35.04 
 
 		 381 aa  216  5e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  31.23 
 
 		 375 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  37.36 
 
 		 386 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  36.65 
 
 		 379 aa  211  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  31.91 
 
 		 372 aa  211  2e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.29 
 
 		 386 aa  207  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  37.1 
 
 		 320 aa  206  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.95 
 
 		 390 aa  200  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.98 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  36.56 
 
 		 382 aa  197  3e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  39.08 
 
 		 383 aa  197  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  33.94 
 
 		 379 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.5 
 
 		 418 aa  193  5e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  33.42 
 
 		 407 aa  192  1e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  35.95 
 
 		 392 aa  192  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  34.15 
 
 		 390 aa  192  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  35.03 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  35.91 
 
 		 394 aa  181  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  30.32 
 
 		 409 aa  176  5e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  30.28 
 
 		 371 aa  173  5e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  35.42 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  31.65 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.75 
 
 		 407 aa  166  5.9999999999999996e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  31.99 
 
 		 402 aa  162  9e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  26.08 
 
 		 390 aa  159  5e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  27.4 
 
 		 392 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  32.77 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  33.22 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  31.34 
 
 		 393 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  30.19 
 
 		 405 aa  125  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  28.99 
 
 		 515 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  29.28 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.92 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  31.65 
 
 		 483 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  32.78 
 
 		 410 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  31.25 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  25.13 
 
 		 380 aa  119  7e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  24.87 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  30.95 
 
 		 406 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  30.84 
 
 		 404 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  24.87 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  31.91 
 
 		 412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  32.98 
 
 		 412 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  31.78 
 
 		 412 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  28.76 
 
 		 390 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  29.94 
 
 		 435 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.21 
 
 		 418 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  29.53 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  30.62 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  28.7 
 
 		 414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  30.54 
 
 		 400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  33.83 
 
 		 409 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  32.41 
 
 		 414 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  30.26 
 
 		 414 aa  114  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  30.26 
 
 		 414 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  30.54 
 
 		 400 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  30.29 
 
 		 400 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  31.6 
 
 		 400 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  33.85 
 
 		 414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  31.3 
 
 		 408 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  30.23 
 
 		 442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  30.39 
 
 		 400 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>