278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4361 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 383 aa  743    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  62.47 
 
 		 382 aa  425  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  61.21 
 
 		 386 aa  425  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  53.65 
 
 		 385 aa  359  6e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  55.41 
 
 		 386 aa  353  4e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  53.78 
 
 		 407 aa  335  1e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  51.09 
 
 		 418 aa  326  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  50.13 
 
 		 379 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  49.21 
 
 		 375 aa  315  8e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  48.95 
 
 		 366 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  48.99 
 
 		 387 aa  296  4e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  48.08 
 
 		 390 aa  295  7e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  50.92 
 
 		 390 aa  288  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  46.88 
 
 		 392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  47.63 
 
 		 407 aa  273  4.0000000000000004e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  50.13 
 
 		 394 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  42.71 
 
 		 381 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  43.86 
 
 		 381 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  36.59 
 
 		 377 aa  242  6e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  35.25 
 
 		 379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  36.39 
 
 		 381 aa  238  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  52.24 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  36.72 
 
 		 380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  41.82 
 
 		 386 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  41.46 
 
 		 383 aa  229  4e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  37.6 
 
 		 379 aa  228  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  36.39 
 
 		 381 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  36.39 
 
 		 381 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  36.65 
 
 		 381 aa  227  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  36.13 
 
 		 381 aa  225  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  34.82 
 
 		 381 aa  222  9e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  35.86 
 
 		 381 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  36.1 
 
 		 381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.53 
 
 		 400 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  35.47 
 
 		 381 aa  219  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.75 
 
 		 400 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.01 
 
 		 400 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  32.9 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  38.81 
 
 		 399 aa  210  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  37.66 
 
 		 379 aa  209  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  34.35 
 
 		 385 aa  207  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  34.35 
 
 		 385 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  31.91 
 
 		 385 aa  206  6e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  31.91 
 
 		 385 aa  206  6e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  31.91 
 
 		 385 aa  206  6e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  31.66 
 
 		 385 aa  206  7e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  31.91 
 
 		 385 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  31.66 
 
 		 385 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  34.53 
 
 		 385 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  33.13 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  29.06 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  29.06 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  27.89 
 
 		 374 aa  197  3e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  31.59 
 
 		 375 aa  186  7e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  28.79 
 
 		 374 aa  181  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  30.03 
 
 		 383 aa  173  3.9999999999999995e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  31.56 
 
 		 381 aa  166  4e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  28.02 
 
 		 371 aa  167  4e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  30.65 
 
 		 372 aa  166  9e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  35.59 
 
 		 410 aa  164  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  33.56 
 
 		 402 aa  162  7e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  34.8 
 
 		 410 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  33.9 
 
 		 410 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  33.33 
 
 		 401 aa  159  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  33.57 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  33.22 
 
 		 400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  37.5 
 
 		 425 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  33.57 
 
 		 400 aa  153  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  33.57 
 
 		 400 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  32.87 
 
 		 400 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  29.36 
 
 		 442 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  32.34 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  32.43 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  32.43 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  32.43 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  32.31 
 
 		 423 aa  150  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  35.24 
 
 		 411 aa  150  5e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  32.2 
 
 		 409 aa  149  6e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.44 
 
 		 416 aa  149  6e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  36.54 
 
 		 409 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  37.8 
 
 		 393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  35.67 
 
 		 392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  30.7 
 
 		 400 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  37.5 
 
 		 406 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  36.91 
 
 		 406 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  33.78 
 
 		 404 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  30.7 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  30.7 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  30.7 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  30.7 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  30.7 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  30.7 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  32.17 
 
 		 400 aa  144  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  36.97 
 
 		 409 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  37.63 
 
 		 409 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  33.33 
 
 		 320 aa  143  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  39.05 
 
 		 418 aa  143  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  37.38 
 
 		 425 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  31.07 
 
 		 425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  31.51 
 
 		 400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>