227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3506 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 406 aa  836    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5895  nuclease SbcCD, D subunit  51.47 
 
 		 408 aa  464  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000840952  normal  0.0299962 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  36.61 
 
 		 425 aa  238  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  34.15 
 
 		 393 aa  222  9e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  34.06 
 
 		 405 aa  219  7.999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  31.62 
 
 		 409 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.81 
 
 		 435 aa  191  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  32.92 
 
 		 407 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  32.92 
 
 		 407 aa  190  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  31.91 
 
 		 385 aa  157  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  32.38 
 
 		 385 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  31.44 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  32.14 
 
 		 385 aa  155  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  32.14 
 
 		 385 aa  155  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  32.14 
 
 		 385 aa  155  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  32.14 
 
 		 385 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  30.88 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  31.29 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  29.93 
 
 		 385 aa  149  7e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3776  nuclease SbcCD, D subunit  30.79 
 
 		 387 aa  144  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0285977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  32.57 
 
 		 388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.5 
 
 		 400 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.26 
 
 		 400 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  26.75 
 
 		 388 aa  134  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.21 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  35.95 
 
 		 380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  27.01 
 
 		 410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  30.14 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  31.9 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  26.71 
 
 		 410 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  33.89 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  31.94 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  33 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  33.89 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  27.21 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  29.68 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  31.34 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  33.89 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  34.81 
 
 		 399 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  35.64 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  34.22 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  29.33 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  27.66 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  31.09 
 
 		 407 aa  124  3e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  35.06 
 
 		 382 aa  123  7e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  34.54 
 
 		 381 aa  122  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  34.11 
 
 		 381 aa  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.78 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  27.55 
 
 		 410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  27.86 
 
 		 408 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  29.07 
 
 		 390 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  31.23 
 
 		 374 aa  118  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  30.36 
 
 		 379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  30.36 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  27.3 
 
 		 498 aa  117  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  29.93 
 
 		 411 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  31.33 
 
 		 387 aa  116  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  27.34 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0824  nuclease SbcCD, D subunit  30.72 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  33.68 
 
 		 381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  26.38 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  27.87 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.25 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  30.93 
 
 		 415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  29.88 
 
 		 374 aa  113  5e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  33.56 
 
 		 379 aa  113  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  28.17 
 
 		 381 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.52 
 
 		 387 aa  112  9e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  30.93 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.96 
 
 		 416 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  30.58 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  26.91 
 
 		 418 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  25.91 
 
 		 425 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  27.76 
 
 		 404 aa  110  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1881  nuclease SbcCD, D subunit  27.36 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.459868 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  30.17 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  29.09 
 
 		 379 aa  107  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  27.73 
 
 		 412 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  28.07 
 
 		 414 aa  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  29.54 
 
 		 412 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  33.09 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  33.09 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  27.73 
 
 		 412 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0858  putative Exonuclease SbcD homolog  27.59 
 
 		 413 aa  106  6e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.95 
 
 		 390 aa  106  8e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  28.71 
 
 		 412 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  28.8 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0983  nuclease SbcCD subunit D  27.94 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  26.85 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  29.41 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  28.09 
 
 		 409 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  29.66 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.42 
 
 		 528 aa  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  28.42 
 
 		 517 aa  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  30.87 
 
 		 409 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  29.22 
 
 		 375 aa  103  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.71 
 
 		 418 aa  103  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  26.47 
 
 		 409 aa  103  7e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  29.91 
 
 		 408 aa  103  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>