74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1224 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1224  hypothetical protein  100 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05473  hypothetical protein  36.89 
 
 		 200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  34.62 
 
 		 716 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  34.62 
 
 		 716 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  33.02 
 
 		 716 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  29.21 
 
 		 729 aa  53.9  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0164  transcriptional regulatory component of sensory transduction system  33.67 
 
 		 151 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00945737  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  34.67 
 
 		 409 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.07 
 
 		 512 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.73 
 
 		 523 aa  50.1  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 262 aa  49.3  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  35.71 
 
 		 507 aa  49.3  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  30.1 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.1 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  34.78 
 
 		 713 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.1 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.1 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  31.19 
 
 		 678 aa  48.9  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.1 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  33.78 
 
 		 479 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  30.1 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  30.1 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  38.96 
 
 		 714 aa  47.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  28.93 
 
 		 774 aa  47.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.25 
 
 		 541 aa  48.1  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 330 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 348 aa  46.6  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  35.37 
 
 		 522 aa  46.6  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  26.88 
 
 		 305 aa  46.2  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  29.11 
 
 		 425 aa  46.2  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  32.47 
 
 		 436 aa  45.8  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  36.36 
 
 		 715 aa  45.8  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  26.38 
 
 		 521 aa  45.8  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 725 aa  45.8  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  28 
 
 		 762 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 1067 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.52 
 
 		 542 aa  45.8  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 348 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  23.23 
 
 		 230 aa  44.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 1080 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 237 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 1063 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 1075 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 1092 aa  44.3  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 1075 aa  44.3  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  30.93 
 
 		 502 aa  44.3  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  31.31 
 
 		 435 aa  43.5  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 233 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 233 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  29.73 
 
 		 711 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  31.88 
 
 		 1089 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  30.23 
 
 		 1074 aa  43.5  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  31.88 
 
 		 1075 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  31.88 
 
 		 1092 aa  43.5  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  33.67 
 
 		 396 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 233 aa  43.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  31.88 
 
 		 1089 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  29.13 
 
 		 228 aa  43.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  31.58 
 
 		 565 aa  43.1  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  28.12 
 
 		 250 aa  43.1  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0312  response regulator receiver  29.59 
 
 		 233 aa  43.1  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0102436  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 948 aa  42.7  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.56 
 
 		 229 aa  42.7  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  28.87 
 
 		 235 aa  42.7  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  30.85 
 
 		 510 aa  42.7  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  33.94 
 
 		 700 aa  42.7  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  30.85 
 
 		 290 aa  42.4  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1806  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.6 
 
 		 225 aa  42.4  0.009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0205791  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5468  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.87 
 
 		 223 aa  42.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0473  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  28.16 
 
 		 248 aa  42.4  0.01  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1716  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  28.16 
 
 		 248 aa  42.4  0.01  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00444869  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  25.26 
 
 		 272 aa  42.4  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 219 aa  42.4  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 712 aa  42.4  0.01  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>