More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3840 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 229 aa  451  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  60.18 
 
 		 227 aa  272  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.33 
 
 		 239 aa  267  1e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  61.74 
 
 		 247 aa  264  8e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  61.26 
 
 		 241 aa  260  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  60 
 
 		 219 aa  254  6e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  252  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  56.56 
 
 		 225 aa  251  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.47 
 
 		 242 aa  251  7e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  60.99 
 
 		 226 aa  251  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  56.25 
 
 		 240 aa  250  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.25 
 
 		 240 aa  250  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  56.25 
 
 		 240 aa  250  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  250  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  250  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.47 
 
 		 242 aa  249  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.25 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.21 
 
 		 219 aa  248  5e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.21 
 
 		 219 aa  248  5e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.8 
 
 		 240 aa  248  5e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.51 
 
 		 239 aa  245  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.51 
 
 		 239 aa  245  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.51 
 
 		 239 aa  245  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  57.69 
 
 		 247 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  55.66 
 
 		 222 aa  244  9.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  55.66 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.85 
 
 		 243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.32 
 
 		 243 aa  241  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  52.53 
 
 		 227 aa  240  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  55.2 
 
 		 227 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  50.68 
 
 		 230 aa  230  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 227 aa  230  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  50.68 
 
 		 222 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 226 aa  229  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 		 230 aa  229  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  48.23 
 
 		 232 aa  228  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 226 aa  227  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.88 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.6 
 
 		 223 aa  222  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.6 
 
 		 223 aa  221  8e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  50 
 
 		 221 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  48.18 
 
 		 221 aa  219  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 230 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  51.98 
 
 		 232 aa  201  6e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 230 aa  201  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 231 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  47.3 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  47.56 
 
 		 232 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 227 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 		 242 aa  190  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  45.54 
 
 		 229 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 231 aa  187  9e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.89 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 231 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  45.25 
 
 		 226 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  46.64 
 
 		 229 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  43.89 
 
 		 226 aa  184  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  45.5 
 
 		 226 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  48.7 
 
 		 227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  44.59 
 
 		 226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.51 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 		 225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.95 
 
 		 222 aa  181  1e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  44.8 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  44.8 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  44.8 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  44.8 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  44.8 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  44.8 
 
 		 229 aa  178  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  44.8 
 
 		 229 aa  178  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  44.8 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1775  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 243 aa  177  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 230 aa  174  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  44.83 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  42.67 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  42.67 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  42.67 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 227 aa  171  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  46.05 
 
 		 232 aa  171  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>