More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1573 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 234 aa  476  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  62.33 
 
 		 230 aa  293  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  52.97 
 
 		 247 aa  248  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  51.09 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.65 
 
 		 239 aa  238  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 		 222 aa  232  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  50.67 
 
 		 219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  50.66 
 
 		 227 aa  232  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.78 
 
 		 227 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 		 225 aa  230  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 219 aa  228  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 219 aa  228  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 		 241 aa  228  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.78 
 
 		 242 aa  228  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.31 
 
 		 239 aa  228  8e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.34 
 
 		 239 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.34 
 
 		 239 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.9 
 
 		 242 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.88 
 
 		 243 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  52.47 
 
 		 226 aa  221  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  47.77 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 226 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48 
 
 		 243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  49.55 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  49.55 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.11 
 
 		 240 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  46.64 
 
 		 222 aa  218  5e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 223 aa  218  6e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.11 
 
 		 240 aa  217  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 223 aa  217  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.56 
 
 		 240 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  48.23 
 
 		 221 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  44.84 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 226 aa  211  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  47.09 
 
 		 224 aa  209  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.49 
 
 		 237 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 234 aa  193  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  45.09 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 227 aa  191  8e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 222 aa  185  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 230 aa  184  7e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 228 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 232 aa  181  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  42.54 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 256 aa  178  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 234 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 230 aa  178  7e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  35.68 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 231 aa  176  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.05 
 
 		 240 aa  177  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  35.24 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  35.24 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  35.24 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  35.68 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  35.24 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 242 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  35.24 
 
 		 231 aa  175  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  34.8 
 
 		 231 aa  175  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 237 aa  175  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  34.8 
 
 		 231 aa  175  7e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 236 aa  175  7e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  42.79 
 
 		 235 aa  174  8e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 231 aa  174  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  42.79 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0753  putative response regulator  39.48 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  42.79 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  42.79 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  42.79 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>