More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4259 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 230 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 232 aa  291  5e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  61.61 
 
 		 231 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.61 
 
 		 242 aa  259  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  61.04 
 
 		 242 aa  255  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4255  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.78 
 
 		 226 aa  246  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  231  5e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  54.05 
 
 		 227 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  51.77 
 
 		 240 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.77 
 
 		 240 aa  231  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  231  9e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  231  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  51.77 
 
 		 240 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  230  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.77 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  54.26 
 
 		 219 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  52.68 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 227 aa  222  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.36 
 
 		 219 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.36 
 
 		 219 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 		 222 aa  221  6e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  51.75 
 
 		 247 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.78 
 
 		 227 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  47.58 
 
 		 232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50 
 
 		 239 aa  218  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 		 225 aa  215  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  49.78 
 
 		 226 aa  212  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 226 aa  212  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.55 
 
 		 242 aa  211  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.98 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.98 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.66 
 
 		 242 aa  210  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.98 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.44 
 
 		 243 aa  205  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  45.66 
 
 		 227 aa  204  7e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.44 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  43.95 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  51.12 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 223 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  45.09 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 221 aa  193  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  44.75 
 
 		 221 aa  191  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  46.96 
 
 		 236 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  47.75 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  43.16 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  43.16 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  46.72 
 
 		 240 aa  186  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  46.72 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  46.75 
 
 		 237 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  46.75 
 
 		 237 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  46.75 
 
 		 237 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  41.67 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.42 
 
 		 233 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.29 
 
 		 236 aa  185  6e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 236 aa  184  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  43.95 
 
 		 227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 		 321 aa  183  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.32 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.32 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  41.32 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 239 aa  182  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.81 
 
 		 230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 233 aa  181  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 234 aa  181  8.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 233 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 233 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.74 
 
 		 238 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 238 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 233 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 231 aa  180  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 233 aa  180  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  43.36 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  40.51 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 237 aa  179  4e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  41.91 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>