More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2441 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  472  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  89.7 
 
 		 233 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  89.7 
 
 		 233 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  86.27 
 
 		 233 aa  417  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  84.55 
 
 		 233 aa  414  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  70.76 
 
 		 232 aa  342  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  70.26 
 
 		 235 aa  331  6e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  67.67 
 
 		 233 aa  331  7.000000000000001e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  67.66 
 
 		 231 aa  328  4e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 233 aa  328  5.0000000000000004e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  67.95 
 
 		 233 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 		 233 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  67.52 
 
 		 233 aa  326  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  67.23 
 
 		 233 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  67.23 
 
 		 233 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  67.52 
 
 		 233 aa  326  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  67.23 
 
 		 236 aa  325  4.0000000000000003e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  67.69 
 
 		 239 aa  325  5e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 		 231 aa  324  6e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 236 aa  323  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  65.56 
 
 		 240 aa  322  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  66.81 
 
 		 239 aa  321  6e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  66.81 
 
 		 239 aa  321  6e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  69 
 
 		 233 aa  321  7e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  69.4 
 
 		 233 aa  320  9.000000000000001e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.88 
 
 		 250 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.88 
 
 		 244 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  65.4 
 
 		 238 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.4 
 
 		 238 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.96 
 
 		 236 aa  317  7e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.83 
 
 		 237 aa  317  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  64.83 
 
 		 237 aa  317  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.83 
 
 		 237 aa  317  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  68.12 
 
 		 241 aa  316  2e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  64.71 
 
 		 240 aa  314  7e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  63.4 
 
 		 235 aa  309  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  65.67 
 
 		 250 aa  308  5.9999999999999995e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  64.78 
 
 		 240 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  63.95 
 
 		 236 aa  302  2.0000000000000002e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.49 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 230 aa  193  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  44.44 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.19 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  42.55 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 230 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 231 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  42.42 
 
 		 229 aa  181  8.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 231 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  42.06 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.92 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 237 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  41.3 
 
 		 226 aa  178  8e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  40.59 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 235 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  41.15 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  44.22 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 226 aa  176  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 241 aa  176  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 243 aa  175  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 229 aa  175  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  41.67 
 
 		 235 aa  174  7e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 227 aa  174  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  38.43 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  39.82 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 226 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 228 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 		 231 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 228 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 228 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  39.82 
 
 		 229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.48 
 
 		 231 aa  171  7.999999999999999e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 229 aa  171  7.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.63 
 
 		 233 aa  170  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 232 aa  170  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 226 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  39.38 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  39.38 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  39.38 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  39.38 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>