More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0212 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  100 
 
 
233 aa  473  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  86.27 
 
 
233 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  86.27 
 
 
233 aa  417  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  86.27 
 
 
233 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  84.55 
 
 
233 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  70.26 
 
 
232 aa  341  5e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  68.1 
 
 
233 aa  327  7e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  68.56 
 
 
239 aa  326  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  68.56 
 
 
239 aa  326  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  67.66 
 
 
231 aa  326  2.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  68.56 
 
 
239 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  69.26 
 
 
235 aa  325  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  67.67 
 
 
233 aa  325  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  67.36 
 
 
236 aa  325  3e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  65.98 
 
 
240 aa  324  9e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  66.38 
 
 
236 aa  323  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 
231 aa  323  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 
233 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  68.53 
 
 
233 aa  322  4e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.7 
 
 
244 aa  321  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  66.81 
 
 
233 aa  320  8e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.29 
 
 
250 aa  320  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 
233 aa  320  9.000000000000001e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 
233 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  66.81 
 
 
233 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  66.24 
 
 
238 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.24 
 
 
238 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  66.38 
 
 
233 aa  318  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.09 
 
 
236 aa  316  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.25 
 
 
237 aa  316  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  65.25 
 
 
237 aa  316  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.25 
 
 
237 aa  316  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  66.39 
 
 
240 aa  315  5e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 
233 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 
241 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  64.19 
 
 
240 aa  309  2.9999999999999997e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  63.95 
 
 
236 aa  302  3.0000000000000004e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  63.95 
 
 
250 aa  299  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  62.55 
 
 
235 aa  299  3e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.74 
 
 
227 aa  194  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  44.59 
 
 
238 aa  192  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 
230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  43.7 
 
 
230 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.03 
 
 
229 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  42.92 
 
 
229 aa  180  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 
230 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 
230 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 
230 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 
230 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 
233 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  176  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 
231 aa  176  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  43.53 
 
 
237 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  42.92 
 
 
226 aa  176  3e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  40 
 
 
230 aa  176  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 
230 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 
230 aa  175  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 
232 aa  174  9e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  42.49 
 
 
230 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 
234 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  41.1 
 
 
231 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 
236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 
228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.29 
 
 
237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  41.63 
 
 
229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  40.53 
 
 
229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 
239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 
227 aa  172  5e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 
243 aa  171  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.15 
 
 
235 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 
229 aa  170  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 
232 aa  169  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 
234 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 
227 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  41.71 
 
 
207 aa  168  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 
235 aa  168  6e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  40.26 
 
 
230 aa  167  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.39 
 
 
235 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  38.86 
 
 
234 aa  167  1e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  39.38 
 
 
235 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  39.38 
 
 
235 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  39.38 
 
 
235 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  39.38 
 
 
235 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  39.38 
 
 
235 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  39.38 
 
 
235 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  39.38 
 
 
235 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  41.98 
 
 
227 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 
230 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.2 
 
 
226 aa  166  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 
235 aa  166  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 
226 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 
230 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 
226 aa  166  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.06 
 
 
237 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 
234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 
226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>