More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2724 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 230 aa  472  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  54.95 
 
 		 226 aa  257  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 222 aa  254  6e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 225 aa  252  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.1 
 
 		 240 aa  252  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  53.6 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  53.48 
 
 		 230 aa  252  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.1 
 
 		 240 aa  252  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.54 
 
 		 240 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.54 
 
 		 240 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.54 
 
 		 240 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.54 
 
 		 240 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.1 
 
 		 240 aa  251  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  51.1 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.1 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.1 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.1 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  51.1 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.54 
 
 		 240 aa  251  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.66 
 
 		 240 aa  249  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  52.04 
 
 		 239 aa  248  4e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  53.39 
 
 		 227 aa  247  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52.27 
 
 		 227 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  51.54 
 
 		 241 aa  245  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.32 
 
 		 239 aa  244  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.32 
 
 		 239 aa  244  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  53.15 
 
 		 226 aa  244  6.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.32 
 
 		 239 aa  244  6.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.22 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.32 
 
 		 243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50 
 
 		 242 aa  242  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.79 
 
 		 242 aa  240  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.57 
 
 		 243 aa  240  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 247 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  51.6 
 
 		 221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.75 
 
 		 223 aa  234  7e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  49.77 
 
 		 219 aa  234  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  48.02 
 
 		 232 aa  231  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.3 
 
 		 223 aa  231  6e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.73 
 
 		 219 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.73 
 
 		 219 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  49.77 
 
 		 227 aa  229  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  50 
 
 		 226 aa  227  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  47.56 
 
 		 222 aa  225  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 221 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  50 
 
 		 247 aa  215  5.9999999999999996e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.84 
 
 		 234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 229 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 231 aa  205  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.95 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 232 aa  201  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.93 
 
 		 242 aa  189  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  42.15 
 
 		 226 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  42.29 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 237 aa  183  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  41.18 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  41.18 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 236 aa  181  7e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 226 aa  181  8.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 226 aa  180  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  40.35 
 
 		 232 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  41.89 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  39.19 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 225 aa  179  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  42.04 
 
 		 229 aa  178  7e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 234 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 229 aa  178  8e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  40.72 
 
 		 223 aa  178  8e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 239 aa  177  9e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  40.27 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  40.27 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0654  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200991  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  37.9 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  40.72 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.34 
 
 		 240 aa  176  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  40 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 236 aa  175  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 231 aa  175  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4929  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 		 226 aa  174  7e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 227 aa  174  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  40.53 
 
 		 226 aa  174  9e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 234 aa  174  9e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 231 aa  174  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  41.78 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  41.26 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4255  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>