More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5423 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  475  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  63.79 
 
 		 226 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  63.88 
 
 		 227 aa  256  3e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  51.97 
 
 		 226 aa  221  9e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  51.54 
 
 		 232 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  51.54 
 
 		 226 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 		 226 aa  212  3.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  54.89 
 
 		 242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  46.77 
 
 		 282 aa  209  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  49.36 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  49.36 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  49.36 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  49.57 
 
 		 236 aa  209  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.04 
 
 		 260 aa  208  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  49.33 
 
 		 229 aa  207  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  49.33 
 
 		 229 aa  207  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  49.33 
 
 		 229 aa  207  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 229 aa  207  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  49.33 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  47.84 
 
 		 229 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  48.89 
 
 		 229 aa  205  5e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  48.89 
 
 		 229 aa  204  8e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  48.44 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  47.62 
 
 		 226 aa  202  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  48.67 
 
 		 232 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  47.58 
 
 		 226 aa  201  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  48.23 
 
 		 232 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  46.7 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  48.46 
 
 		 229 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  48.54 
 
 		 251 aa  198  5e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  48.46 
 
 		 229 aa  198  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  47.79 
 
 		 232 aa  198  6e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  48.46 
 
 		 229 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  48.46 
 
 		 229 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  46.26 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  46.26 
 
 		 226 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  48.02 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  46.85 
 
 		 221 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  45.37 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  48.51 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  46.22 
 
 		 226 aa  192  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.09 
 
 		 233 aa  188  7e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.1 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  42.29 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  49.56 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 234 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  48.71 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  40 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  39.48 
 
 		 236 aa  179  4.999999999999999e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2741  winged helix family two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 250 aa  178  4.999999999999999e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0957275  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.95 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 		 234 aa  176  4e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  41.42 
 
 		 243 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3369  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.881494  normal  0.845013 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 229 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  40.6 
 
 		 221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 239 aa  172  5e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 239 aa  172  5e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2657  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 250 aa  172  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.350713 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3460  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 250 aa  171  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  46.9 
 
 		 228 aa  171  6.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 232 aa  171  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 238 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.22 
 
 		 252 aa  171  9e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  38.82 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3600  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  38.82 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.65 
 
 		 238 aa  169  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  39.15 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1012  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 257 aa  169  3e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.658807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 248 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  43.64 
 
 		 265 aa  169  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  39.08 
 
 		 239 aa  169  4e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1316  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 		 232 aa  169  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0769  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.45 
 
 		 236 aa  168  5e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 241 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 239 aa  169  5e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  37.55 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 234 aa  168  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>