More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3439 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  468  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  65.52 
 
 		 261 aa  284  8e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5546  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.68 
 
 		 254 aa  279  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.335699  hitchhiker  0.0000418049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  64.66 
 
 		 238 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  64.35 
 
 		 270 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.31 
 
 		 251 aa  227  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 262 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.82 
 
 		 241 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  54.82 
 
 		 241 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.36 
 
 		 275 aa  224  6e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  55.51 
 
 		 241 aa  224  8e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.95 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  52.77 
 
 		 240 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  48.73 
 
 		 245 aa  218  5e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.89 
 
 		 256 aa  218  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  52.59 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  54.11 
 
 		 238 aa  216  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  52.16 
 
 		 251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  48.31 
 
 		 245 aa  215  5.9999999999999996e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 246 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.72 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.28 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.97 
 
 		 240 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.99 
 
 		 246 aa  208  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  48.76 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  48.97 
 
 		 247 aa  207  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.62 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  48.76 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  50.62 
 
 		 246 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  50.62 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  50.62 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  50.62 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  50.84 
 
 		 246 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 		 240 aa  206  4e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  48.35 
 
 		 246 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 		 240 aa  206  4e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  48.76 
 
 		 246 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 243 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  48.25 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.26 
 
 		 236 aa  204  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  48.35 
 
 		 246 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  48.13 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 245 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.35 
 
 		 247 aa  201  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  47.88 
 
 		 236 aa  201  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  48.12 
 
 		 246 aa  201  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 		 239 aa  200  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0771  two component transcriptional regulator  50.84 
 
 		 244 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.96 
 
 		 246 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 		 243 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  48.36 
 
 		 245 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 241 aa  198  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 249 aa  198  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  49.34 
 
 		 236 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.08 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 		 263 aa  194  8.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  48.72 
 
 		 261 aa  194  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 245 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  48.72 
 
 		 241 aa  193  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1012  winged helix family two component transcriptional regulator  47.46 
 
 		 241 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0418267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4212  two component transcriptional regulator  46.84 
 
 		 241 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 237 aa  192  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1050  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.36572  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  44.44 
 
 		 238 aa  192  6e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  45.83 
 
 		 245 aa  191  7e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1011  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 241 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.25 
 
 		 245 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 245 aa  190  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  44.87 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  44.44 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.05 
 
 		 240 aa  188  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.5 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 243 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  46.41 
 
 		 253 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 244 aa  185  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  45.49 
 
 		 244 aa  184  8e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.16 
 
 		 246 aa  184  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  47.37 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  48.91 
 
 		 244 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  47.81 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 		 237 aa  183  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  47.5 
 
 		 247 aa  182  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2147  two component transcriptional regulator  49.34 
 
 		 235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 252 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  48.47 
 
 		 243 aa  181  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  45.38 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  46.93 
 
 		 243 aa  179  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  46.93 
 
 		 243 aa  179  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  45.99 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>