More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2497 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  474  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  54.27 
 
 		 239 aa  243  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  53.11 
 
 		 245 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  55.9 
 
 		 245 aa  242  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  56.96 
 
 		 240 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  54.2 
 
 		 244 aa  234  6e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.92 
 
 		 236 aa  229  4e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  52.54 
 
 		 240 aa  228  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  52.54 
 
 		 240 aa  228  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  50.65 
 
 		 236 aa  228  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 242 aa  226  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  50.42 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  50 
 
 		 245 aa  221  8e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  53.91 
 
 		 238 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  53.22 
 
 		 238 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.26 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  50.44 
 
 		 246 aa  211  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 246 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.27 
 
 		 275 aa  210  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 		 246 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 241 aa  208  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 262 aa  208  6e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  49.17 
 
 		 246 aa  208  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 237 aa  207  9e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.64 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  49.78 
 
 		 247 aa  206  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  51.72 
 
 		 243 aa  205  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.35 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.51 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0786  DNA-binding response regulator  46.67 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  50.21 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.08 
 
 		 247 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 251 aa  202  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.09 
 
 		 251 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 		 270 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  47.19 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.38 
 
 		 240 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  47.19 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  47.19 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  49.09 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  48.05 
 
 		 241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  46.75 
 
 		 241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.09 
 
 		 259 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  46.09 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  46.09 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 245 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  46.09 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  46.09 
 
 		 239 aa  198  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  46.32 
 
 		 241 aa  198  6e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  45.65 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  45.65 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  48.29 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0654  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  45.65 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  47.19 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  46.64 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  48.29 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  45.45 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  47.23 
 
 		 240 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.98 
 
 		 262 aa  196  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.09 
 
 		 236 aa  196  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.72 
 
 		 247 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.38 
 
 		 246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  45.02 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  46.32 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 261 aa  195  6e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 241 aa  194  8.000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 241 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.38 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>