More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1317 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  475  1e-133  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  54.27 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  52.77 
 
 		 226 aa  240  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  53.48 
 
 		 226 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  55.32 
 
 		 232 aa  239  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  53.04 
 
 		 226 aa  238  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  53.91 
 
 		 226 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  52.59 
 
 		 226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  51.91 
 
 		 226 aa  229  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  55.79 
 
 		 251 aa  226  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  52.61 
 
 		 229 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  50.6 
 
 		 282 aa  225  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  51.49 
 
 		 229 aa  224  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  53.28 
 
 		 226 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  50.43 
 
 		 229 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.04 
 
 		 260 aa  222  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  52.14 
 
 		 236 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  51.49 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  51.49 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  51.49 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  51.5 
 
 		 232 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  51.07 
 
 		 232 aa  215  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  50.64 
 
 		 232 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  49.79 
 
 		 229 aa  208  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  49.79 
 
 		 229 aa  208  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  49.79 
 
 		 229 aa  208  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  49.79 
 
 		 229 aa  208  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  50 
 
 		 229 aa  208  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  50.85 
 
 		 231 aa  207  9e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  49.79 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.38 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  49.58 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  49.15 
 
 		 229 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  49.15 
 
 		 229 aa  204  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  49.15 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  48.72 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  48.72 
 
 		 229 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  48.91 
 
 		 221 aa  199  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  50.62 
 
 		 242 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.03 
 
 		 233 aa  199  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  48.71 
 
 		 239 aa  194  8.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 226 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06627  hypothetical protein  40.52 
 
 		 264 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  41.92 
 
 		 228 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.38 
 
 		 230 aa  171  9e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  44.4 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  46.32 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.35 
 
 		 230 aa  168  6e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3369  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 250 aa  168  6e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.881494  normal  0.845013 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  48.71 
 
 		 228 aa  168  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 226 aa  168  8e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  43.97 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.45 
 
 		 243 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  45.41 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  41.95 
 
 		 232 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10499  two component system sensor transduction protein regX3  42.67 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.46064e-66  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.48 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  42.79 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.28 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.93 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.93 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 226 aa  165  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.93 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  38.89 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.91 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.76 
 
 		 252 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  47.86 
 
 		 228 aa  164  8e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.06 
 
 		 230 aa  165  8e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 		 236 aa  164  9e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2657  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.350713 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  45.11 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3460  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  37.72 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2741  winged helix family two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0957275  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3600  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284005 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  37.72 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 226 aa  163  3e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 239 aa  162  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>