More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4946 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  100 
 
 		 221 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  97.74 
 
 		 229 aa  440  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  98.19 
 
 		 229 aa  442  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  97.29 
 
 		 229 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  97.29 
 
 		 229 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  97.29 
 
 		 229 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  97.29 
 
 		 229 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  96.38 
 
 		 229 aa  436  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  96.38 
 
 		 229 aa  434  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  83.71 
 
 		 229 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  83.71 
 
 		 229 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  83.26 
 
 		 229 aa  367  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  82.81 
 
 		 229 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  82.81 
 
 		 229 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  76.15 
 
 		 229 aa  344  6e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  58.82 
 
 		 232 aa  251  8.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  64.09 
 
 		 231 aa  250  9.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  58.82 
 
 		 232 aa  250  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  58.37 
 
 		 232 aa  248  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  55.41 
 
 		 232 aa  235  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  52.4 
 
 		 237 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  52.4 
 
 		 237 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  52.4 
 
 		 237 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 226 aa  227  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  52.75 
 
 		 226 aa  226  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  51.75 
 
 		 236 aa  224  9e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  51.6 
 
 		 226 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  52.07 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  52.53 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  52.07 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 251 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  51.34 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  50.23 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  49.54 
 
 		 229 aa  205  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 260 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  48.66 
 
 		 226 aa  201  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 282 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 226 aa  194  7e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  49.12 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 		 240 aa  192  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 239 aa  191  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.54 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 233 aa  174  7e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  44.5 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 229 aa  168  7e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.34 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  39.35 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 233 aa  165  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 230 aa  164  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.44 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 233 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  42.59 
 
 		 241 aa  162  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 232 aa  162  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.12 
 
 		 242 aa  162  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  44.64 
 
 		 234 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  41.44 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.44 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.44 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.99 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  41.44 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.99 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.99 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.99 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.59 
 
 		 243 aa  161  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02230  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  42.01 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 225 aa  161  9e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  43.64 
 
 		 265 aa  160  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.44 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  40.37 
 
 		 227 aa  159  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.99 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.54 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 230 aa  159  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  38.91 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.99 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.74 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  37.95 
 
 		 232 aa  159  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  39.45 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.37 
 
 		 227 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 225 aa  158  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.27 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 237 aa  158  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 235 aa  158  7e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.13 
 
 		 243 aa  158  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 230 aa  157  8e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.89 
 
 		 237 aa  157  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.83 
 
 		 234 aa  157  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 238 aa  157  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>