More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4946 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  100 
 
 
229 aa  463  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  99.56 
 
 
229 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  99.13 
 
 
229 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  99.13 
 
 
229 aa  460  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  99.13 
 
 
229 aa  460  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  84.28 
 
 
229 aa  400  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  84.28 
 
 
229 aa  400  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  84.28 
 
 
229 aa  400  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  85.15 
 
 
229 aa  403  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  83.84 
 
 
229 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  83.84 
 
 
229 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  83.41 
 
 
229 aa  394  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  83.84 
 
 
229 aa  397  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  82.81 
 
 
221 aa  379  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  76.11 
 
 
229 aa  353  8.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  63.88 
 
 
232 aa  279  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  63.88 
 
 
232 aa  278  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  63.44 
 
 
232 aa  277  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  67.7 
 
 
231 aa  269  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  56.47 
 
 
232 aa  257  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  55.31 
 
 
226 aa  249  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  53.59 
 
 
237 aa  248  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  53.59 
 
 
237 aa  248  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  53.59 
 
 
237 aa  248  5e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  54.66 
 
 
236 aa  248  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 
226 aa  247  1e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  54.91 
 
 
226 aa  244  8e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  53.6 
 
 
226 aa  235  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  52.7 
 
 
226 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  53.57 
 
 
226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  53.15 
 
 
226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  52.92 
 
 
251 aa  229  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  51.57 
 
 
229 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  52.02 
 
 
229 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  52.21 
 
 
226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.59 
 
 
260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 
282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 
240 aa  204  1e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
239 aa  203  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 
226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  49.13 
 
 
242 aa  195  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.02 
 
 
233 aa  192  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 
230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  47.06 
 
 
228 aa  179  4e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
233 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 
227 aa  177  8e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
229 aa  176  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 
228 aa  176  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.61 
 
 
240 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  40.35 
 
 
233 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.61 
 
 
240 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.61 
 
 
240 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.61 
 
 
240 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.17 
 
 
240 aa  174  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 
226 aa  174  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.17 
 
 
240 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 
232 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  43.17 
 
 
240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.17 
 
 
240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 
235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  43.17 
 
 
240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 
233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.17 
 
 
240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.17 
 
 
240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  43.44 
 
 
227 aa  172  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
230 aa  172  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.17 
 
 
240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 
234 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.95 
 
 
243 aa  171  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.73 
 
 
240 aa  171  6.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.73 
 
 
240 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.73 
 
 
240 aa  171  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 
241 aa  169  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 
236 aa  170  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 
237 aa  169  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 
234 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 
233 aa  169  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  40.72 
 
 
222 aa  168  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 
230 aa  168  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 
225 aa  168  8e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 
252 aa  167  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 
230 aa  167  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  40 
 
 
227 aa  167  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  40.26 
 
 
232 aa  166  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.59 
 
 
242 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 
231 aa  166  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  44.49 
 
 
265 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 
230 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 
233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.04 
 
 
242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 
237 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.11 
 
 
234 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 
229 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 
229 aa  165  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.41 
 
 
239 aa  165  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  40.71 
 
 
227 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 
241 aa  164  9e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  38.39 
 
 
226 aa  164  9e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 
225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>