More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0357 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  100 
 
 		 226 aa  456  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  94.69 
 
 		 226 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  91.59 
 
 		 226 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  79.2 
 
 		 226 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  75.55 
 
 		 229 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  75.11 
 
 		 229 aa  343  8.999999999999999e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  72 
 
 		 226 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  56 
 
 		 232 aa  246  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  54.91 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  54.08 
 
 		 236 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  53.85 
 
 		 237 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  53.85 
 
 		 237 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  53.85 
 
 		 237 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  53.64 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  54.05 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  53.64 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  53.64 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  53.64 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  53.6 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  53.64 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  53.6 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  53.64 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  53.15 
 
 		 229 aa  223  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  53.15 
 
 		 229 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  53.18 
 
 		 229 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.73 
 
 		 229 aa  223  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  51.58 
 
 		 226 aa  218  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  52.53 
 
 		 221 aa  217  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  52.65 
 
 		 229 aa  216  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 226 aa  215  4e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.9 
 
 		 233 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.82 
 
 		 260 aa  209  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  48.92 
 
 		 232 aa  208  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  49.13 
 
 		 232 aa  208  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  48.48 
 
 		 232 aa  206  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  50.44 
 
 		 231 aa  206  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 282 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.75 
 
 		 239 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  47.6 
 
 		 242 aa  197  7.999999999999999e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 		 251 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06627  hypothetical protein  44.93 
 
 		 264 aa  194  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.4 
 
 		 240 aa  192  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 239 aa  191  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.8 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.8 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.8 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 230 aa  188  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.82 
 
 		 243 aa  187  9e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.85 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.84 
 
 		 240 aa  185  5e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 226 aa  185  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.64 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  44.84 
 
 		 240 aa  184  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 240 aa  184  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 		 234 aa  185  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.84 
 
 		 240 aa  184  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  44.84 
 
 		 240 aa  184  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.84 
 
 		 240 aa  184  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.19 
 
 		 242 aa  184  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  44.98 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  182  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 226 aa  182  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.39 
 
 		 240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.93 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.61 
 
 		 226 aa  180  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0654  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.1 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200991  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 229 aa  178  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  43.42 
 
 		 229 aa  178  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  41.85 
 
 		 232 aa  178  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  47.53 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  42.04 
 
 		 225 aa  175  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 226 aa  174  7e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0471  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 226 aa  174  8e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.734397 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.91 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.91 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0966  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 287 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629938 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  42.36 
 
 		 229 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  41.96 
 
 		 226 aa  171  7.999999999999999e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0404  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 227 aa  171  7.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00316128 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>