More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0030 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  558  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.04 
 
 		 260 aa  338  8e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  62.2 
 
 		 251 aa  275  5e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  50.61 
 
 		 226 aa  248  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  48.59 
 
 		 226 aa  238  6.999999999999999e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  49.19 
 
 		 232 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  48.99 
 
 		 237 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  48.99 
 
 		 237 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  48.99 
 
 		 237 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  49.39 
 
 		 236 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  49.8 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  47.74 
 
 		 226 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  47.52 
 
 		 226 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  49.38 
 
 		 242 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  48.77 
 
 		 232 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  50.61 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  48.77 
 
 		 232 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  48.77 
 
 		 232 aa  213  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  48.78 
 
 		 229 aa  212  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  47.54 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  46.94 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  47.13 
 
 		 229 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.93 
 
 		 229 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  45.93 
 
 		 229 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  48.37 
 
 		 229 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  45.93 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  45.93 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  45.93 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  46.72 
 
 		 226 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  45.93 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  48.37 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  45.93 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  48.37 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  48.37 
 
 		 229 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  45.53 
 
 		 229 aa  205  7e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  47.97 
 
 		 229 aa  204  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 239 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  46.31 
 
 		 226 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  46.75 
 
 		 226 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  46.22 
 
 		 221 aa  199  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  46.28 
 
 		 226 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.33 
 
 		 233 aa  192  6e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 226 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06627  hypothetical protein  37.5 
 
 		 264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  43.37 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.11 
 
 		 243 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.06 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.1 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.34 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 229 aa  166  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  38.71 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  39.6 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.36 
 
 		 227 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  39 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.98 
 
 		 237 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  38.55 
 
 		 231 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.39 
 
 		 235 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  38.37 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 228 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  34.98 
 
 		 230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.09 
 
 		 240 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  37.96 
 
 		 231 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  40.24 
 
 		 247 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  40.98 
 
 		 235 aa  162  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.45 
 
 		 240 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.45 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.11 
 
 		 234 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  40.73 
 
 		 234 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.45 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 229 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.45 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  36.69 
 
 		 235 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.45 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.86 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  37.86 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.86 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.33 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.86 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.86 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  37.86 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  37.8 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  36.69 
 
 		 235 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.86 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  40.56 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.86 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 230 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 		 226 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 239 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  40.41 
 
 		 232 aa  159  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  35.66 
 
 		 234 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  40.33 
 
 		 227 aa  159  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.63 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.02 
 
 		 235 aa  159  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  37.04 
 
 		 226 aa  159  6e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.59 
 
 		 227 aa  159  6e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  40.98 
 
 		 233 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.73 
 
 		 236 aa  159  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.42 
 
 		 243 aa  158  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  39.68 
 
 		 228 aa  158  8e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>