More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0875 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  100 
 
 		 232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  98.71 
 
 		 232 aa  463  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  99.14 
 
 		 232 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  74.57 
 
 		 231 aa  321  5e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  64.91 
 
 		 229 aa  296  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  61.16 
 
 		 229 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.71 
 
 		 229 aa  280  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  60.71 
 
 		 229 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  60.71 
 
 		 229 aa  279  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  60.71 
 
 		 229 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  60.71 
 
 		 229 aa  279  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  63.88 
 
 		 229 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  63.44 
 
 		 229 aa  278  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  60.71 
 
 		 229 aa  277  9e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  63.44 
 
 		 229 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  63.44 
 
 		 229 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  60.71 
 
 		 229 aa  276  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  63 
 
 		 229 aa  274  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  58.82 
 
 		 221 aa  263  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  53.91 
 
 		 226 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  54.55 
 
 		 232 aa  237  9e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 226 aa  237  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  54.19 
 
 		 226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  52.52 
 
 		 237 aa  231  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  52.52 
 
 		 237 aa  231  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  52.52 
 
 		 237 aa  231  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  53.59 
 
 		 236 aa  230  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  55.36 
 
 		 226 aa  225  6e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  49.57 
 
 		 226 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  51.3 
 
 		 229 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 260 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  48.77 
 
 		 282 aa  221  7e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  51.5 
 
 		 240 aa  220  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  51.08 
 
 		 229 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  50 
 
 		 226 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  49.13 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  51.27 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  49.35 
 
 		 226 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  53.48 
 
 		 242 aa  214  9e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.36 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 226 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.44 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.81 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.39 
 
 		 234 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 230 aa  176  4e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  46.05 
 
 		 265 aa  175  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 230 aa  175  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.54 
 
 		 242 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  43.11 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.67 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  39.91 
 
 		 230 aa  168  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  39.38 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  41.13 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  40 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06627  hypothetical protein  42.61 
 
 		 264 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.07 
 
 		 240 aa  165  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.07 
 
 		 240 aa  165  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.07 
 
 		 240 aa  165  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.07 
 
 		 240 aa  165  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 227 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.62 
 
 		 240 aa  164  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.33 
 
 		 243 aa  164  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.11 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.11 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.62 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.11 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  40.44 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1549  response regulator receiver protein  41.07 
 
 		 241 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0273908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.62 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0312  response regulator receiver  41.96 
 
 		 233 aa  162  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0102436  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  40.62 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  38.84 
 
 		 227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1268  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  40.62 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.62 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2339  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.62 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  39.29 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 241 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  43.04 
 
 		 228 aa  161  7e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 228 aa  161  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 272 aa  161  7e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.61 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  43.35 
 
 		 234 aa  161  8.000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1257  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.62 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>