More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1538 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 228 aa  458  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1257  two component transcriptional regulator  83.19 
 
 		 229 aa  393  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  82.38 
 
 		 230 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  82.38 
 
 		 230 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  81.94 
 
 		 230 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4325  two component transcriptional regulator  78.67 
 
 		 229 aa  347  8e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.974523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2294  two component transcriptional regulator  71.49 
 
 		 228 aa  337  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  58.48 
 
 		 272 aa  285  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  63.8 
 
 		 234 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  63.35 
 
 		 233 aa  281  6.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  60.09 
 
 		 228 aa  279  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  59.65 
 
 		 228 aa  278  4e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  61.88 
 
 		 230 aa  278  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  60.09 
 
 		 228 aa  277  9e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  60.71 
 
 		 229 aa  276  1e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  62.78 
 
 		 227 aa  276  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  62.78 
 
 		 227 aa  276  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  62.78 
 
 		 227 aa  275  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  61.88 
 
 		 227 aa  275  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  62.44 
 
 		 235 aa  275  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  60.36 
 
 		 233 aa  275  6e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 		 229 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  61.54 
 
 		 234 aa  271  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 233 aa  270  9e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5185  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  59.73 
 
 		 234 aa  270  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2339  two component transcriptional regulator  61.09 
 
 		 231 aa  270  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4718  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  59.73 
 
 		 239 aa  270  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.09 
 
 		 237 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5257  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.73 
 
 		 234 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  60.09 
 
 		 265 aa  268  7e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7423  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  60.63 
 
 		 234 aa  268  7e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6685  two component transcriptional regulator  60.18 
 
 		 234 aa  267  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  60.63 
 
 		 233 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  60.63 
 
 		 233 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  59.73 
 
 		 252 aa  265  5e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0821  two component transcriptional regulator  57.59 
 
 		 232 aa  262  4e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  59.28 
 
 		 232 aa  254  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  56.95 
 
 		 229 aa  253  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  57.14 
 
 		 236 aa  249  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  54.34 
 
 		 229 aa  241  7e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2232  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.97 
 
 		 227 aa  238  5.999999999999999e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.326614  normal  0.43086 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03440  putative DNA-binding response regulator PhoB  52.27 
 
 		 229 aa  237  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  52.97 
 
 		 229 aa  237  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  52.97 
 
 		 229 aa  237  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 229 aa  237  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  52.97 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  53.88 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  53.88 
 
 		 239 aa  236  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2709  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 229 aa  235  3e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000407229  decreased coverage  0.000000263688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2777  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 229 aa  235  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  decreased coverage  0.000208697 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2879  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 229 aa  235  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1364  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 229 aa  234  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000657343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1378  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 229 aa  234  6e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000291119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2981  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  53.42 
 
 		 229 aa  234  6e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000220801  hitchhiker  0.00121997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1403  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 229 aa  234  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  0.0219543 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  52.51 
 
 		 229 aa  234  8e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2689  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  53.88 
 
 		 229 aa  234  8e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000627834  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  53.42 
 
 		 229 aa  233  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1296  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 229 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000460678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1053  two component transcriptional regulator  52.05 
 
 		 229 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  51.6 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  51.6 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2768  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.97 
 
 		 229 aa  232  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2457  response regulator homolog PhoB (phosphate regulon transcriptional regulatory protein)  52.97 
 
 		 230 aa  233  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  52.51 
 
 		 229 aa  232  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  52.05 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3106  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  51.6 
 
 		 229 aa  231  6e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1208  phosphate regulon response regulator PhoB  50.68 
 
 		 233 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1074  response regulator receiver protein  52.97 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000246777  normal  0.491091 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  51.6 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 228 aa  230  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3452  two component transcriptional regulator  52.05 
 
 		 229 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00686704  hitchhiker  0.000158375 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2915  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  51.6 
 
 		 229 aa  228  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004385  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  51.6 
 
 		 229 aa  228  8e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  50.91 
 
 		 229 aa  227  9e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2969  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000855765  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  51.35 
 
 		 230 aa  226  3e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2472  response regulator receiver protein  56.52 
 
 		 216 aa  224  9e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2688  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  53.39 
 
 		 243 aa  223  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0901925  normal  0.494683 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 		 231 aa  220  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  50.66 
 
 		 240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 230 aa  219  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0824  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 229 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3105  DNA-binding response regulator PhoB  50.88 
 
 		 232 aa  218  6e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0541  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3838  response regulator receiver domain-containing protein  49.55 
 
 		 234 aa  217  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000539223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1597  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>