More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0402 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  79.15 
 
 		 236 aa  379  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  76.07 
 
 		 250 aa  353  2e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  71.12 
 
 		 233 aa  333  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  70.69 
 
 		 233 aa  332  4e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  70.26 
 
 		 233 aa  331  6e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  69.26 
 
 		 233 aa  325  3e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  69.53 
 
 		 233 aa  322  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  69.1 
 
 		 231 aa  322  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  68.38 
 
 		 232 aa  321  6e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  67.52 
 
 		 233 aa  320  9.000000000000001e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.95 
 
 		 236 aa  318  3e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  67.8 
 
 		 239 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  68.24 
 
 		 239 aa  318  3.9999999999999996e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  68.24 
 
 		 239 aa  318  3.9999999999999996e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  68.09 
 
 		 236 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.67 
 
 		 231 aa  317  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  67.52 
 
 		 240 aa  315  3e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  68.22 
 
 		 240 aa  315  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  69.2 
 
 		 233 aa  315  6e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  65.82 
 
 		 236 aa  315  6e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  67.23 
 
 		 237 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  67.66 
 
 		 233 aa  313  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.23 
 
 		 237 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  68.4 
 
 		 233 aa  313  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.23 
 
 		 237 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.8 
 
 		 233 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  67.23 
 
 		 233 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  67.23 
 
 		 233 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  67.8 
 
 		 238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  67.8 
 
 		 233 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.8 
 
 		 238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.53 
 
 		 244 aa  310  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.8 
 
 		 250 aa  310  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  67.93 
 
 		 240 aa  310  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  67.37 
 
 		 233 aa  310  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  67.8 
 
 		 241 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  66.39 
 
 		 233 aa  308  2.9999999999999997e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  65.53 
 
 		 235 aa  302  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.26 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.38 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 		 243 aa  188  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 		 235 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.85 
 
 		 234 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 234 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 230 aa  181  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 233 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  42.24 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  46.27 
 
 		 207 aa  178  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  43.16 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.64 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 247 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  42.24 
 
 		 230 aa  175  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 228 aa  175  4e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 		 236 aa  175  7e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.63 
 
 		 229 aa  174  8e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  41.95 
 
 		 238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 230 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 230 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 230 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.3 
 
 		 234 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 231 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  40.35 
 
 		 229 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 230 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 228 aa  171  9e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  39.91 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  39.91 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  38.89 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  40.79 
 
 		 226 aa  170  1e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  39.91 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  40.35 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.79 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 		 232 aa  169  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0653  two-component response regulator PhoB  42.49 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.131558  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 226 aa  169  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  38.72 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.92 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  39.91 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 239 aa  169  5e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 		 239 aa  168  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>