More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1623 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 229 aa  476  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  83.84 
 
 		 230 aa  407  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  84.28 
 
 		 230 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  84.28 
 
 		 230 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  84.28 
 
 		 230 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  84.58 
 
 		 231 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  82.97 
 
 		 230 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  82.97 
 
 		 230 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  82.97 
 
 		 230 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  83.41 
 
 		 230 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  83.77 
 
 		 230 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  81.94 
 
 		 232 aa  395  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  81.58 
 
 		 231 aa  394  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  81.14 
 
 		 230 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  82.61 
 
 		 227 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  66.67 
 
 		 238 aa  329  2e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  64.32 
 
 		 237 aa  322  4e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.11 
 
 		 229 aa  307  1.0000000000000001e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  57.71 
 
 		 233 aa  287  8e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  57.71 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 233 aa  197  9e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 233 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 233 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 233 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  41 
 
 		 240 aa  178  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.37 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  41.95 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  41.3 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  41.3 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  41.42 
 
 		 240 aa  175  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  42.06 
 
 		 233 aa  175  7e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 235 aa  174  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.95 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  40.93 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 238 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 238 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.33 
 
 		 244 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 236 aa  171  7.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.33 
 
 		 250 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 235 aa  168  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  39.15 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 250 aa  161  6e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1203  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 233 aa  158  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.856614  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  34.8 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.36 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  34.8 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  34.8 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  34.48 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  34.67 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.65 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  34.8 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.06 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  34.8 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.23 
 
 		 233 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  37.07 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2678  winged helix family two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 240 aa  133  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  34.5 
 
 		 239 aa  132  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  34.5 
 
 		 239 aa  132  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  34.5 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 231 aa  131  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 233 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 241 aa  131  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  34.5 
 
 		 248 aa  131  9e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.63 
 
 		 237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.62 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.8 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  34.5 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1277  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0649233  normal  0.253886 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.22 
 
 		 251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  33.93 
 
 		 221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.96 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 229 aa  128  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 238 aa  128  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 227 aa  128  6e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  35.22 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 233 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>