More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3920 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.93 
 
 		 229 aa  344  6e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  65.64 
 
 		 238 aa  324  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  64.32 
 
 		 229 aa  322  4e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  64.6 
 
 		 231 aa  318  5e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  64.89 
 
 		 232 aa  315  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  64.89 
 
 		 230 aa  314  6e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  63.56 
 
 		 230 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  63.56 
 
 		 230 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  63.56 
 
 		 230 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  64.44 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  63.11 
 
 		 230 aa  309  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  63.11 
 
 		 230 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  62.56 
 
 		 230 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.56 
 
 		 230 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  62.56 
 
 		 230 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  62.17 
 
 		 231 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  58.52 
 
 		 233 aa  288  7e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  56.33 
 
 		 230 aa  285  5e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  61.9 
 
 		 227 aa  284  9e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 241 aa  184  9e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  44.17 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 233 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 233 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  42.8 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  42.8 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  43.53 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 		 236 aa  175  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 233 aa  174  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 233 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 233 aa  174  7e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  41.84 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  42.67 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 236 aa  172  5e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  41.88 
 
 		 236 aa  171  6.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  41 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.35 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  41.35 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.35 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.99 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 238 aa  168  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 238 aa  168  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.74 
 
 		 244 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.33 
 
 		 250 aa  164  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1203  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 233 aa  152  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.856614  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 233 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.78 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.93 
 
 		 238 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  34.96 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  34.96 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  34.82 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.07 
 
 		 234 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 		 225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  35.32 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 234 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  35.84 
 
 		 226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  33.76 
 
 		 226 aa  132  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  37.23 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 232 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2015  two component transcriptional regulator  37.45 
 
 		 233 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  34.2 
 
 		 229 aa  131  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  34.2 
 
 		 229 aa  131  9e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3369  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 250 aa  131  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.881494  normal  0.845013 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 233 aa  131  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.62 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.78 
 
 		 234 aa  130  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2741  winged helix family two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 250 aa  130  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0957275  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2180  two component transcriptional regulator  37.19 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0753297 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  37.07 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.07 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>