More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2005 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  100 
 
 		 231 aa  478  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  84.21 
 
 		 230 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  84.21 
 
 		 230 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  84.21 
 
 		 230 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  84.72 
 
 		 230 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  85.15 
 
 		 230 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  83.33 
 
 		 230 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  83.33 
 
 		 230 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  81.58 
 
 		 229 aa  394  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  83.33 
 
 		 230 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  79.91 
 
 		 231 aa  384  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  80.35 
 
 		 232 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  79.48 
 
 		 230 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  76.96 
 
 		 230 aa  372  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  82.93 
 
 		 227 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  67.39 
 
 		 238 aa  336  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  62.17 
 
 		 237 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.78 
 
 		 229 aa  296  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  58.08 
 
 		 233 aa  290  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  57.89 
 
 		 230 aa  286  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 233 aa  188  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  44.07 
 
 		 233 aa  185  5e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  44.07 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  41.53 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.53 
 
 		 236 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 241 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 236 aa  172  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  41 
 
 		 240 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 235 aa  171  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 239 aa  171  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  42.17 
 
 		 239 aa  170  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  42.17 
 
 		 239 aa  170  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 232 aa  169  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  42.49 
 
 		 233 aa  168  6e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  168  6e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 240 aa  164  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.49 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.49 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  41.49 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 236 aa  163  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.76 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  40.43 
 
 		 240 aa  162  6e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 250 aa  156  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.74 
 
 		 244 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.33 
 
 		 250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1203  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 233 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.856614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.4 
 
 		 229 aa  142  6e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  35.5 
 
 		 229 aa  142  6e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  35.71 
 
 		 229 aa  141  8e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  34.96 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  34.96 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  34.96 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  38.36 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 234 aa  138  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.93 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.93 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.93 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.64 
 
 		 238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.79 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.8 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.37 
 
 		 233 aa  133  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  34.08 
 
 		 221 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.87 
 
 		 233 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.13 
 
 		 235 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  36.09 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  38.77 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2076  two component transcriptional regulator  32.75 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0826632  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  36.52 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  38.77 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.05 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  34.48 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  33.48 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.47 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  37.34 
 
 		 227 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  35.24 
 
 		 229 aa  128  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5525  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 234 aa  128  7.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.997238 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  35.47 
 
 		 240 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.47 
 
 		 240 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>