More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2907 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  501  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  75.21 
 
 		 236 aa  358  6e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  76.07 
 
 		 235 aa  353  2e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  66.11 
 
 		 236 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  65.25 
 
 		 236 aa  311  5.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.95 
 
 		 231 aa  310  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  63.98 
 
 		 239 aa  308  5e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.85 
 
 		 237 aa  308  5e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.85 
 
 		 237 aa  308  5e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  63.98 
 
 		 239 aa  308  5e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  64.85 
 
 		 237 aa  308  5e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  64.44 
 
 		 231 aa  308  5.9999999999999995e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  65.67 
 
 		 233 aa  308  6.999999999999999e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.53 
 
 		 238 aa  307  9e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  65.53 
 
 		 238 aa  307  9e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  65.24 
 
 		 233 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  63.98 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  64.81 
 
 		 233 aa  304  7e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  66.52 
 
 		 233 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  66.52 
 
 		 233 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  65.67 
 
 		 232 aa  303  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  64.38 
 
 		 233 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  66.09 
 
 		 233 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  64.17 
 
 		 233 aa  301  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.09 
 
 		 233 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 		 233 aa  301  7.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  63.29 
 
 		 240 aa  301  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  65.67 
 
 		 233 aa  300  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  65.67 
 
 		 233 aa  300  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  61.32 
 
 		 240 aa  299  2e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  63.95 
 
 		 233 aa  299  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  64.14 
 
 		 240 aa  295  5e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  63.68 
 
 		 233 aa  294  8e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.08 
 
 		 250 aa  290  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.08 
 
 		 244 aa  289  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  60.26 
 
 		 233 aa  289  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.97 
 
 		 236 aa  286  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  61.8 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  57.45 
 
 		 235 aa  279  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 243 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 		 234 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.37 
 
 		 229 aa  174  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 230 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.22 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 227 aa  171  7.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  41 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  42.13 
 
 		 230 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 232 aa  168  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0653  two-component response regulator PhoB  41.18 
 
 		 230 aa  168  8e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.131558  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.85 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.98 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0753  putative response regulator  40.17 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.25 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 241 aa  165  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 233 aa  164  9e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  39.48 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  39.48 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  39.48 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  39.48 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  38.56 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  41.77 
 
 		 232 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.48 
 
 		 229 aa  162  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  39.48 
 
 		 229 aa  162  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  39.48 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  40.43 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  39.48 
 
 		 229 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 222 aa  162  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 228 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 230 aa  162  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 229 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.4 
 
 		 231 aa  161  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.53 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.15 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09580  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  39.34 
 
 		 244 aa  159  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.132168 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.72 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.72 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 231 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  39.13 
 
 		 226 aa  159  3e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>