More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3422 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  73.59 
 
 		 236 aa  351  7e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  71.24 
 
 		 233 aa  336  1.9999999999999998e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  69.57 
 
 		 233 aa  333  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  69.13 
 
 		 232 aa  330  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  67.95 
 
 		 239 aa  325  5e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  67.95 
 
 		 239 aa  325  5e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.83 
 
 		 233 aa  325  5e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  70.31 
 
 		 233 aa  324  7e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  67.23 
 
 		 236 aa  324  9e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  67.24 
 
 		 239 aa  324  9e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  68.7 
 
 		 231 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  67.83 
 
 		 233 aa  322  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  67.39 
 
 		 233 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  67.39 
 
 		 233 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  65.24 
 
 		 240 aa  322  4e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  70.43 
 
 		 233 aa  321  5e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  67.39 
 
 		 233 aa  321  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  66.67 
 
 		 237 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  68.97 
 
 		 233 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.67 
 
 		 237 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.67 
 
 		 237 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.12 
 
 		 231 aa  319  3e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  66.96 
 
 		 233 aa  318  3.9999999999999996e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  66.96 
 
 		 233 aa  318  5e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  68.97 
 
 		 233 aa  318  5e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  66.67 
 
 		 240 aa  316  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  68.12 
 
 		 233 aa  316  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 		 240 aa  314  6e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 233 aa  312  1.9999999999999998e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.96 
 
 		 238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  65.96 
 
 		 238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  67.8 
 
 		 235 aa  309  2.9999999999999997e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.83 
 
 		 250 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.83 
 
 		 244 aa  305  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  65.24 
 
 		 236 aa  305  5.0000000000000004e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  64.96 
 
 		 236 aa  301  8.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  61.9 
 
 		 235 aa  287  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  61.8 
 
 		 250 aa  285  4e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 237 aa  184  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 230 aa  181  7e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 231 aa  178  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.48 
 
 		 237 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 231 aa  175  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.77 
 
 		 235 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  41.7 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  41.45 
 
 		 238 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.33 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.17 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  43.04 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 		 234 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.92 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 235 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  37.87 
 
 		 239 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 231 aa  168  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  37.87 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  37.87 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  37.87 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  37.87 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  37.87 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  37.87 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  37.87 
 
 		 239 aa  168  8e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  37.87 
 
 		 239 aa  168  8e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  37.87 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.02 
 
 		 234 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02230  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  40.35 
 
 		 229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  40.87 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 227 aa  165  5e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  38.14 
 
 		 238 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4692  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  42.38 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 		 230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 230 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 229 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  163  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0654  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.26 
 
 		 229 aa  163  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.32 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>