More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2047 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  470  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  79.15 
 
 		 235 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  75.21 
 
 		 250 aa  358  6e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  65.37 
 
 		 231 aa  311  5.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  65.67 
 
 		 236 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  65.53 
 
 		 236 aa  310  1e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  65.95 
 
 		 232 aa  310  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  64.81 
 
 		 239 aa  308  5.9999999999999995e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  64.81 
 
 		 239 aa  308  5.9999999999999995e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  64.94 
 
 		 239 aa  307  9e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  64.96 
 
 		 237 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.96 
 
 		 237 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.96 
 
 		 237 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  68.26 
 
 		 233 aa  306  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  64.96 
 
 		 240 aa  305  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.37 
 
 		 231 aa  304  7e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.11 
 
 		 238 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  65.11 
 
 		 238 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  64.1 
 
 		 240 aa  303  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  63.95 
 
 		 233 aa  302  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  63.95 
 
 		 233 aa  302  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  64.07 
 
 		 233 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.21 
 
 		 236 aa  301  7.000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  64.96 
 
 		 241 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  62.45 
 
 		 233 aa  301  8.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  64.5 
 
 		 233 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  64.5 
 
 		 233 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  64.5 
 
 		 233 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.81 
 
 		 233 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  63.64 
 
 		 233 aa  298  4e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  64.07 
 
 		 233 aa  298  5e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  64.07 
 
 		 233 aa  298  5e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  64.38 
 
 		 233 aa  298  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  63.48 
 
 		 233 aa  298  6e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  63.83 
 
 		 240 aa  297  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.61 
 
 		 244 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.61 
 
 		 250 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  63.52 
 
 		 233 aa  296  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  59.49 
 
 		 235 aa  288  6e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 243 aa  191  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 247 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.68 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  42.24 
 
 		 227 aa  179  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  46.34 
 
 		 207 aa  177  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.67 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  41.92 
 
 		 226 aa  174  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  39.08 
 
 		 236 aa  173  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  42.42 
 
 		 229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.56 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 237 aa  172  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  41.56 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.56 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.56 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  41.56 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 		 234 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  41.48 
 
 		 229 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  41.48 
 
 		 229 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  41.48 
 
 		 229 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.56 
 
 		 229 aa  171  9e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  41.48 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  41.48 
 
 		 229 aa  169  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.74 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.23 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.74 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  41.48 
 
 		 229 aa  169  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.74 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  41.48 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.85 
 
 		 234 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 229 aa  168  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 229 aa  169  5e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 237 aa  168  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 		 240 aa  168  5e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  38.72 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  39.92 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>