More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0348 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 233 aa  471  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  99.57 
 
 		 233 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  98.28 
 
 		 233 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  98.28 
 
 		 233 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  98.28 
 
 		 233 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  96.14 
 
 		 233 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  96.55 
 
 		 233 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  88.79 
 
 		 231 aa  418  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  90.13 
 
 		 232 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  86.64 
 
 		 231 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  85.96 
 
 		 236 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  85.59 
 
 		 237 aa  396  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  85.59 
 
 		 237 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  85.59 
 
 		 237 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  85.65 
 
 		 238 aa  390  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  83.91 
 
 		 239 aa  391  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  85.65 
 
 		 238 aa  390  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  83.48 
 
 		 239 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  83.48 
 
 		 239 aa  389  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  79.92 
 
 		 240 aa  384  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  80.6 
 
 		 233 aa  383  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.34 
 
 		 244 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.34 
 
 		 250 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  78.6 
 
 		 240 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  78.54 
 
 		 233 aa  360  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  75.65 
 
 		 240 aa  350  8e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  70.51 
 
 		 233 aa  333  1e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  71.06 
 
 		 236 aa  330  1e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  67.24 
 
 		 233 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  67.24 
 
 		 233 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  67.52 
 
 		 233 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 233 aa  320  8e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  66.96 
 
 		 241 aa  318  5e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  64.26 
 
 		 235 aa  315  3e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  67.37 
 
 		 235 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.09 
 
 		 236 aa  309  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  63.09 
 
 		 233 aa  301  8.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  65.67 
 
 		 250 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  64.07 
 
 		 236 aa  298  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 230 aa  191  9e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 230 aa  189  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 227 aa  187  8e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.99 
 
 		 229 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 237 aa  185  6e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 243 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 234 aa  181  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.25 
 
 		 235 aa  178  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.36 
 
 		 234 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.99 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  42.49 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 233 aa  175  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.06 
 
 		 229 aa  175  7e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 225 aa  171  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 231 aa  171  7.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 226 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.42 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  41.7 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 226 aa  168  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  42.49 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 241 aa  168  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.68 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  39.48 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.22 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  39.65 
 
 		 219 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.68 
 
 		 236 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 233 aa  166  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.36 
 
 		 230 aa  165  5e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.89 
 
 		 226 aa  165  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  40.77 
 
 		 226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  36.36 
 
 		 232 aa  164  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  39.83 
 
 		 230 aa  164  9e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.04 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  41.03 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  42.45 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>