More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1016 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 230 aa  476  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  62.28 
 
 		 233 aa  298  6e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  58.95 
 
 		 238 aa  292  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  58.77 
 
 		 231 aa  288  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  57.89 
 
 		 231 aa  286  1e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  58.22 
 
 		 232 aa  285  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  56.33 
 
 		 237 aa  285  5e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.03 
 
 		 229 aa  283  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  58.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.78 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  57.78 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  57.78 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  57.78 
 
 		 230 aa  278  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  57.78 
 
 		 230 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  57.78 
 
 		 230 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  57.71 
 
 		 229 aa  278  7e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 230 aa  274  6e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  58.22 
 
 		 230 aa  275  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  56.58 
 
 		 230 aa  272  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  57.84 
 
 		 227 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 239 aa  185  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  43.04 
 
 		 239 aa  185  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  43.04 
 
 		 239 aa  185  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 232 aa  178  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  41.3 
 
 		 240 aa  177  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 241 aa  174  7e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.92 
 
 		 231 aa  174  8e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  41.53 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.55 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  41.53 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 233 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 233 aa  171  6.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 233 aa  169  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  41.7 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 233 aa  168  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 236 aa  168  5e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.98 
 
 		 244 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 233 aa  168  7e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 233 aa  167  9e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.92 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.92 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  40.59 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.59 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  40.6 
 
 		 237 aa  162  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 237 aa  162  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 237 aa  162  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  38.63 
 
 		 235 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1203  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 233 aa  144  9e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.856614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  37.83 
 
 		 229 aa  141  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  39.06 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  35.71 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  35.68 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  35.71 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  35.71 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  35.71 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  35.71 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  35.71 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  37.61 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  37.39 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  36.6 
 
 		 232 aa  132  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.36 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.76 
 
 		 234 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  36.44 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5525  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.997238 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.56 
 
 		 243 aa  128  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  34.39 
 
 		 221 aa  128  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  36.28 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.65 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  35.24 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.37 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.37 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.37 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.37 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  36.89 
 
 		 232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  36.09 
 
 		 226 aa  125  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  36.09 
 
 		 226 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  35.19 
 
 		 228 aa  125  7e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>