More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5433 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 238 aa  484  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  484  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  92.86 
 
 		 236 aa  441  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  93.7 
 
 		 237 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  93.7 
 
 		 237 aa  436  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  93.7 
 
 		 237 aa  436  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  87.34 
 
 		 232 aa  415  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  87.82 
 
 		 233 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  87.39 
 
 		 233 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  87.82 
 
 		 233 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  87.34 
 
 		 233 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  86.55 
 
 		 233 aa  407  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  87.34 
 
 		 233 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  85.65 
 
 		 231 aa  404  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  86.13 
 
 		 233 aa  404  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  84.32 
 
 		 239 aa  404  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  83.61 
 
 		 240 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  86.08 
 
 		 231 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  84.32 
 
 		 239 aa  404  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  82.77 
 
 		 233 aa  400  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  83.9 
 
 		 239 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  82.3 
 
 		 250 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  82.72 
 
 		 244 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  81.25 
 
 		 240 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  81.51 
 
 		 233 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  76.69 
 
 		 240 aa  366  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  72.57 
 
 		 236 aa  348  4e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  68.35 
 
 		 233 aa  333  2e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  67.51 
 
 		 233 aa  332  3e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  67.51 
 
 		 233 aa  330  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 		 233 aa  328  6e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  65.82 
 
 		 233 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  67.66 
 
 		 241 aa  325  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  67.8 
 
 		 235 aa  324  7e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.11 
 
 		 236 aa  318  5e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  65.53 
 
 		 236 aa  316  2e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  63.45 
 
 		 235 aa  315  3e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  63.98 
 
 		 233 aa  311  5.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  65.42 
 
 		 250 aa  311  7.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.16 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.37 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 243 aa  182  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.58 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 229 aa  181  7e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 235 aa  179  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.76 
 
 		 229 aa  174  8e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  42.13 
 
 		 238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  41.84 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 239 aa  172  5e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.61 
 
 		 239 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.61 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.61 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  41.95 
 
 		 227 aa  170  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  41.42 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  44.33 
 
 		 207 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.6 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 226 aa  169  4e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  40.59 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  41.25 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 232 aa  168  6e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  168  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  38.82 
 
 		 226 aa  168  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  39.32 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  39.15 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.15 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.57 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.57 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.57 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.57 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  39.15 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.15 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.57 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 231 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.68 
 
 		 239 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  39.17 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.3 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  41.77 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  41.77 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.72 
 
 		 240 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>