More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3335 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  461  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  56.52 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.07 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 		 234 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  58.79 
 
 		 207 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 		 243 aa  208  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.43 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  46.79 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 234 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 229 aa  199  3.9999999999999996e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2550  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.4 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  46.19 
 
 		 219 aa  192  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.05 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 233 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  44.95 
 
 		 229 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  46.58 
 
 		 226 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 219 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 227 aa  192  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 219 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 223 aa  191  8e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 231 aa  191  8e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  43.61 
 
 		 233 aa  191  9e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  46.33 
 
 		 226 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 226 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 236 aa  190  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  46.22 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 226 aa  188  8e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 228 aa  188  8e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 222 aa  187  9e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  41.41 
 
 		 240 aa  187  1e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  44.14 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  41.13 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  41.33 
 
 		 226 aa  187  2e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4670  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 234 aa  186  3e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1364  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000657343  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  42.36 
 
 		 239 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1403  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  0.0219543 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2981  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.73 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000220801  hitchhiker  0.00121997 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1378  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000291119  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  41.85 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 230 aa  186  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2709  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000407229  decreased coverage  0.000000263688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2777  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  decreased coverage  0.000208697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 233 aa  185  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2879  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  41.85 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  46.12 
 
 		 228 aa  186  4e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1296  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  185  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000460678  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.05 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  46.12 
 
 		 226 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 229 aa  185  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  42.08 
 
 		 223 aa  184  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  46.15 
 
 		 226 aa  184  7e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  42.08 
 
 		 223 aa  184  7e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2768  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.85 
 
 		 229 aa  184  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 239 aa  184  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 223 aa  184  8e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  44.5 
 
 		 226 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  42.08 
 
 		 223 aa  184  9e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 230 aa  184  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 233 aa  184  9e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.48 
 
 		 240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  41.41 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.04 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.48 
 
 		 240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>