More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1775 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1775  two component transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  491  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  44.59 
 
 
222 aa  190  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  46.35 
 
 
241 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  42.86 
 
 
224 aa  185  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.92 
 
 
239 aa  184  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.33 
 
 
240 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.33 
 
 
240 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.91 
 
 
239 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.91 
 
 
239 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.91 
 
 
239 aa  181  7e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  41.33 
 
 
240 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 
240 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.33 
 
 
240 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  41.33 
 
 
240 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.33 
 
 
240 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 
225 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  40.62 
 
 
219 aa  178  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.96 
 
 
227 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.97 
 
 
242 aa  177  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.89 
 
 
240 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.97 
 
 
242 aa  175  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 
231 aa  175  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.72 
 
 
230 aa  175  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 
226 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 
222 aa  174  8e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 
231 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 
243 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  38.3 
 
 
230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 
219 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 
219 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 
247 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  44.69 
 
 
229 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  44.69 
 
 
229 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.26 
 
 
243 aa  169  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  43.11 
 
 
226 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
227 aa  169  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 
232 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  41.96 
 
 
226 aa  165  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 
242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 
226 aa  162  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  36.91 
 
 
227 aa  162  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  41.7 
 
 
226 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  41.3 
 
 
232 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 
227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  36.94 
 
 
221 aa  162  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2145  DNA-binding response regulator  38.86 
 
 
232 aa  161  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 
230 aa  161  8.000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  41.53 
 
 
248 aa  161  1e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 
227 aa  160  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  42.15 
 
 
226 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  43.75 
 
 
226 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3972  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 
242 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 
229 aa  159  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 
242 aa  159  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 
231 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 
231 aa  158  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 
231 aa  158  8e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2990  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 
230 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.140246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  40.81 
 
 
226 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3133  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 
231 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  42.73 
 
 
232 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.48 
 
 
227 aa  156  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 
230 aa  156  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.35 
 
 
236 aa  156  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 
234 aa  155  4e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  41.41 
 
 
232 aa  155  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 
223 aa  155  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 
223 aa  155  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 
221 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 
231 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3691  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 
230 aa  155  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  41.2 
 
 
229 aa  155  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 
231 aa  154  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3086  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 
233 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.151774  normal  0.916258 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 
236 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  41.41 
 
 
232 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 
229 aa  153  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1714  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.86 
 
 
234 aa  153  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.233786  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  41.18 
 
 
225 aa  152  4e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  40.09 
 
 
227 aa  152  5e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  34.35 
 
 
232 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  39.37 
 
 
226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 
237 aa  152  7e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.41 
 
 
235 aa  152  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 
235 aa  151  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.29 
 
 
222 aa  150  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 
228 aa  150  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 
225 aa  150  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 
321 aa  151  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14770  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40 
 
 
226 aa  151  1e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.383411  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.29 
 
 
233 aa  150  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  40.97 
 
 
229 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>