More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0985 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0985  GGDEF family protein  100 
 
 		 392 aa  800    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 384 aa  127  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 366 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 369 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 259 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 452 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  39.51 
 
 		 452 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 452 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 476 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 476 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 452 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  38.89 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 764 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 764 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 764 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 620 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 383 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 263 aa  116  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  38.65 
 
 		 946 aa  116  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 758 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 317 aa  114  4.0000000000000004e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 625 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 485 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  35.22 
 
 		 371 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 467 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  35.22 
 
 		 371 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  31.58 
 
 		 366 aa  112  8.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 532 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 		 638 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 532 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 631 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  34.97 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 569 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 431 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  34.97 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  34.97 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 467 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 625 aa  111  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 624 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 625 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 625 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 485 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 624 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 760 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  34.97 
 
 		 371 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 463 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  27.04 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 472 aa  110  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 486 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 402 aa  110  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  38.41 
 
 		 563 aa  109  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 411 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 401 aa  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  34.25 
 
 		 411 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  40.99 
 
 		 414 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 428 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.35 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 385 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0376  hypothetical protein  35.71 
 
 		 760 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.523743  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  27.4 
 
 		 385 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 243 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 494 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 581 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36.75 
 
 		 565 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  27.12 
 
 		 385 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 278 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  36.02 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  38.22 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 467 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  27 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 411 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  38.61 
 
 		 965 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  27 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  27.12 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  27 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 531 aa  107  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 1099 aa  107  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 587 aa  107  4e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>