More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0861 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0861  diguanylate cyclase  100 
 
 		 332 aa  674    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 364 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  28.68 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.3 
 
 		 1050 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  30.49 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.11 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  25.22 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 381 aa  104  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 572 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  27.24 
 
 		 484 aa  103  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.52 
 
 		 718 aa  103  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 410 aa  102  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 563 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  28.02 
 
 		 627 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  38.37 
 
 		 702 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0273  GGDEF family protein  26.46 
 
 		 396 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.51 
 
 		 1040 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 443 aa  100  4e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.51 
 
 		 1010 aa  99.8  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 350 aa  99.4  8e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.07 
 
 		 1101 aa  99.4  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 		 884 aa  99.4  8e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.34 
 
 		 1264 aa  99  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 756 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 400 aa  98.6  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.75 
 
 		 908 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.13 
 
 		 554 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.48 
 
 		 878 aa  99  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 351 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 559 aa  98.6  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 449 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.46 
 
 		 425 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 260 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.72 
 
 		 1082 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 681 aa  98.2  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4450  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.29 
 
 		 765 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 410 aa  97.4  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 257 aa  97.4  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 470 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  32.84 
 
 		 629 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 257 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  36.42 
 
 		 673 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 		 740 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  43.31 
 
 		 1036 aa  97.4  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  38.75 
 
 		 884 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  27.24 
 
 		 370 aa  97.1  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.74 
 
 		 477 aa  96.7  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.18 
 
 		 415 aa  96.7  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 		 720 aa  96.7  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.87 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 		 762 aa  96.7  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  36.71 
 
 		 415 aa  96.7  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  34.46 
 
 		 466 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 466 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  34.46 
 
 		 466 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.06 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.11 
 
 		 722 aa  96.3  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.32 
 
 		 917 aa  96.3  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  34.46 
 
 		 466 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 466 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  34.46 
 
 		 454 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  34.46 
 
 		 454 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.52 
 
 		 685 aa  96.3  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 507 aa  96.3  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  39.9 
 
 		 312 aa  95.9  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  34.29 
 
 		 422 aa  95.9  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 523 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 351 aa  95.9  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  37.27 
 
 		 903 aa  95.9  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0502  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 526 aa  95.9  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000144422  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3739  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.26 
 
 		 796 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.84423  hitchhiker  0.00115944 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  27.02 
 
 		 381 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 472 aa  95.5  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 532 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 466 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 553 aa  95.5  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.31 
 
 		 860 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.06 
 
 		 484 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.31 
 
 		 860 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 365 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.39 
 
 		 949 aa  95.5  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0285  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 570 aa  94.7  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.62 
 
 		 907 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 1338 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.6 
 
 		 1021 aa  94.7  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.540198 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 464 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.56 
 
 		 722 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 464 aa  94.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.75 
 
 		 832 aa  94.4  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.78 
 
 		 1144 aa  95.1  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35 
 
 		 464 aa  94.7  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 		 980 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  37.42 
 
 		 1494 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>