175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_0741 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  100 
 
 		 481 aa  978    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  83.78 
 
 		 483 aa  827    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  74.79 
 
 		 491 aa  714    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  58.35 
 
 		 486 aa  558  1e-158  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  59.54 
 
 		 448 aa  537  1e-151  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  56.03 
 
 		 486 aa  521  1e-146  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  29.61 
 
 		 462 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  28.92 
 
 		 678 aa  86.7  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  29.41 
 
 		 924 aa  70.1  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  29.41 
 
 		 924 aa  70.1  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  21.67 
 
 		 476 aa  67.8  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  33.85 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  33.83 
 
 		 367 aa  67.4  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  32.64 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  34.2 
 
 		 365 aa  67  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  32.64 
 
 		 365 aa  67  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  33.68 
 
 		 365 aa  67  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  22.65 
 
 		 471 aa  66.2  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  34.74 
 
 		 733 aa  65.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  33.5 
 
 		 372 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10841  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  30.45 
 
 		 574 aa  64.3  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0105439  normal  0.293224 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  33.98 
 
 		 737 aa  63.9  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1409  exodeoxyribonuclease V  37.7 
 
 		 530 aa  63.5  0.000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0787348  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09631  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  26.87 
 
 		 576 aa  62.8  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  26.58 
 
 		 369 aa  62  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  32.06 
 
 		 376 aa  62.4  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  33.84 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  31.32 
 
 		 711 aa  62  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  33.52 
 
 		 750 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1650  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.64 
 
 		 526 aa  60.5  0.00000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  27.42 
 
 		 730 aa  60.1  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  32.67 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  33.33 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  32.14 
 
 		 363 aa  59.7  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  27.04 
 
 		 473 aa  59.7  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  24.51 
 
 		 375 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  26.62 
 
 		 397 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  32.19 
 
 		 475 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  33.98 
 
 		 369 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  19.6 
 
 		 754 aa  59.3  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  30 
 
 		 480 aa  57.8  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  33.01 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  21.52 
 
 		 469 aa  58.2  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  32.42 
 
 		 720 aa  57.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  26.21 
 
 		 488 aa  57.8  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  31.05 
 
 		 728 aa  57.4  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  24.37 
 
 		 731 aa  57.8  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  33.33 
 
 		 761 aa  57.4  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  27.38 
 
 		 375 aa  57.4  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  35.11 
 
 		 728 aa  57.4  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  32.24 
 
 		 728 aa  57  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  32.89 
 
 		 1214 aa  56.6  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  24.42 
 
 		 742 aa  56.6  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  31.93 
 
 		 724 aa  56.6  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  26.64 
 
 		 1168 aa  56.2  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  29.7 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  31.28 
 
 		 373 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  31.28 
 
 		 373 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  33.15 
 
 		 744 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  35.51 
 
 		 739 aa  55.8  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  22.75 
 
 		 1112 aa  55.5  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  26.58 
 
 		 369 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  33.5 
 
 		 369 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  30.33 
 
 		 375 aa  55.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  24.84 
 
 		 373 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  31.36 
 
 		 740 aa  55.1  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  30.37 
 
 		 369 aa  55.1  0.000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  33.68 
 
 		 653 aa  55.1  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  30.68 
 
 		 738 aa  54.7  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  29.21 
 
 		 474 aa  54.3  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  33.08 
 
 		 738 aa  54.7  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  32.43 
 
 		 742 aa  53.9  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  29.94 
 
 		 727 aa  53.9  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  29.5 
 
 		 373 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  32.43 
 
 		 659 aa  53.9  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 		 725 aa  53.5  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  31.43 
 
 		 768 aa  53.9  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  28.85 
 
 		 373 aa  53.5  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  31.29 
 
 		 496 aa  53.5  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  28.85 
 
 		 373 aa  53.5  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  31.11 
 
 		 727 aa  53.5  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  31.43 
 
 		 795 aa  52.8  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 		 746 aa  53.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  29.41 
 
 		 372 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  32.43 
 
 		 741 aa  53.1  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  32.37 
 
 		 742 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  29.67 
 
 		 746 aa  52.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  32.58 
 
 		 738 aa  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  30.3 
 
 		 726 aa  52  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  34.85 
 
 		 733 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  34.07 
 
 		 740 aa  51.6  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  34.48 
 
 		 742 aa  52  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  31.1 
 
 		 719 aa  51.2  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  29.82 
 
 		 740 aa  51.2  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 		 754 aa  51.2  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  28.39 
 
 		 719 aa  51.2  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  34.85 
 
 		 733 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  22.27 
 
 		 907 aa  50.8  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  31.67 
 
 		 735 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  33.33 
 
 		 736 aa  50.4  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>