More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1936 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1936  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 308 aa  588  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0833928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2786  porphobilinogen deaminase  60.78 
 
 		 312 aa  339  4e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2876  porphobilinogen deaminase  60.52 
 
 		 315 aa  287  1e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.65304 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  49.5 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  50.18 
 
 		 322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  51.87 
 
 		 347 aa  242  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  50.18 
 
 		 322 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  53.65 
 
 		 309 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  48.79 
 
 		 330 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  50.36 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  48.55 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  49.63 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  52.92 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  53.38 
 
 		 311 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  52.92 
 
 		 309 aa  229  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  52.21 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 318 aa  226  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  49.46 
 
 		 314 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  49.44 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  51.08 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  53.07 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  48.52 
 
 		 306 aa  221  9e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  51.11 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1259  porphobilinogen deaminase  45.63 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.925729  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  45.34 
 
 		 316 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  49.12 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  49.06 
 
 		 316 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  48.75 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  48.69 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  47.94 
 
 		 303 aa  206  6e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  47.57 
 
 		 337 aa  203  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  47.94 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  45.39 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  45.09 
 
 		 306 aa  199  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  41.25 
 
 		 321 aa  198  7e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  49.23 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0040  porphobilinogen deaminase  48 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  46.07 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  44.49 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  46.01 
 
 		 313 aa  195  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  45.56 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  43.45 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  44.78 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  43.93 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  43.65 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  46.52 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  46.52 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  42.95 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  46.44 
 
 		 316 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  44.81 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  44.91 
 
 		 314 aa  192  8e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 351 aa  191  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  46.54 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  44.48 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  47.77 
 
 		 338 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  43.4 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  43.18 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12370  porphobilinogen deaminase  45.06 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  41.99 
 
 		 329 aa  189  5e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1200  porphobilinogen deaminase  42.27 
 
 		 321 aa  189  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.580193  normal  0.533215 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  44.94 
 
 		 317 aa  188  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  45.79 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  44.61 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  44.01 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0128  porphobilinogen deaminase  51.18 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0764  porphobilinogen deaminase  45.58 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000120999 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  43.45 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  45.05 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  43.12 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0118  porphobilinogen deaminase  46.34 
 
 		 318 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  45.77 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 312 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  44.98 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  44.94 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  45.77 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  44.94 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  44.94 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  44.94 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  44.94 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  47.08 
 
 		 338 aa  185  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  43.91 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  44.98 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0710  porphobilinogen deaminase  43.96 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 325 aa  185  9e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  43.77 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  44.93 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  43.07 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  44.96 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  44.49 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  44.57 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  44.57 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  45.38 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  44.57 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>