More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0211 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  95.53 
 
 		 313 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  97.44 
 
 		 313 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  97.12 
 
 		 313 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  92.95 
 
 		 313 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  89.1 
 
 		 313 aa  564  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  88.78 
 
 		 313 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  89.03 
 
 		 312 aa  556  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  86.9 
 
 		 313 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  86.9 
 
 		 313 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  84.52 
 
 		 314 aa  514  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  67.75 
 
 		 309 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  67.31 
 
 		 317 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  68.4 
 
 		 317 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  67.42 
 
 		 315 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  67.75 
 
 		 309 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  65.48 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  66.77 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  67.76 
 
 		 308 aa  413  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  66.78 
 
 		 309 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  65.47 
 
 		 309 aa  408  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  66.67 
 
 		 312 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  66.12 
 
 		 326 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  66.13 
 
 		 313 aa  404  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  65.37 
 
 		 313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  67.54 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  67.22 
 
 		 313 aa  403  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 320 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 320 aa  399  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 320 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 320 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  64.26 
 
 		 326 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 320 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  66.23 
 
 		 322 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 318 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  66.56 
 
 		 320 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  66.56 
 
 		 313 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  65.13 
 
 		 312 aa  394  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  64.95 
 
 		 317 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  65.89 
 
 		 313 aa  394  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  66.56 
 
 		 320 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  66.56 
 
 		 318 aa  397  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  66.56 
 
 		 313 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  66.56 
 
 		 318 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  66.56 
 
 		 313 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  66.56 
 
 		 313 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  63.93 
 
 		 311 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  65.8 
 
 		 313 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  64.47 
 
 		 312 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  65.8 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  65.8 
 
 		 313 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  65.58 
 
 		 313 aa  388  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  63.19 
 
 		 351 aa  377  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  62.03 
 
 		 321 aa  376  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 310 aa  375  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  62.25 
 
 		 319 aa  372  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  59.94 
 
 		 339 aa  366  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  64.17 
 
 		 316 aa  364  1e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 309 aa  359  3e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  64.14 
 
 		 311 aa  358  9e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 		 311 aa  357  1.9999999999999998e-97  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  63.67 
 
 		 315 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  55.49 
 
 		 345 aa  348  5e-95  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 310 aa  346  3e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  54.6 
 
 		 345 aa  343  2e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  56.54 
 
 		 310 aa  343  2.9999999999999997e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  55.88 
 
 		 308 aa  339  2.9999999999999998e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  57.7 
 
 		 310 aa  333  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  55.59 
 
 		 314 aa  330  1e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  57.43 
 
 		 315 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 318 aa  325  5e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 318 aa  323  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 		 318 aa  322  8e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  53.97 
 
 		 311 aa  319  3e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  53.42 
 
 		 318 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 		 306 aa  316  3e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 		 310 aa  316  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  57.72 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  57.19 
 
 		 303 aa  308  6.999999999999999e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 		 334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  54.85 
 
 		 334 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  56.03 
 
 		 327 aa  301  9e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  53.53 
 
 		 321 aa  301  9e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1680  porphobilinogen deaminase  52.58 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0679  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 		 317 aa  300  2e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.451406  normal  0.332479 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  49.68 
 
 		 310 aa  300  3e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  54.19 
 
 		 317 aa  298  8e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  57 
 
 		 338 aa  298  9e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 342 aa  298  9e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  58.09 
 
 		 306 aa  297  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  58.09 
 
 		 306 aa  297  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>