More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0406 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 311 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  90.68 
 
 		 318 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  78.64 
 
 		 309 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  78.39 
 
 		 309 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  79.42 
 
 		 307 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  77.74 
 
 		 309 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  53.25 
 
 		 325 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 		 321 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  49.51 
 
 		 329 aa  301  1e-80  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  52.94 
 
 		 330 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 		 318 aa  293  3e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  53.95 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  55.74 
 
 		 308 aa  286  4e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  52.35 
 
 		 314 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  52.35 
 
 		 322 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  52.84 
 
 		 316 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  50.99 
 
 		 322 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  51.16 
 
 		 309 aa  279  4e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  51.5 
 
 		 314 aa  276  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  51.96 
 
 		 318 aa  276  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  50.66 
 
 		 347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  51.84 
 
 		 316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  50.52 
 
 		 318 aa  270  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  46.98 
 
 		 318 aa  268  8e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 309 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  49.5 
 
 		 314 aa  266  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  53 
 
 		 317 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 304 aa  265  7e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  49.34 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 318 aa  259  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  44.76 
 
 		 318 aa  259  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  50.83 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 318 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  48.12 
 
 		 314 aa  255  6e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  47.21 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  47.63 
 
 		 310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  48.68 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  49.34 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  48.71 
 
 		 351 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 314 aa  252  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  47.87 
 
 		 326 aa  252  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  47.65 
 
 		 309 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  50.5 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  48.45 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 313 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  48.99 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  46.73 
 
 		 309 aa  249  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  48.99 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  46.38 
 
 		 315 aa  249  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  45.83 
 
 		 308 aa  249  6e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  46.89 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  46.89 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  47.32 
 
 		 309 aa  248  8e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  48.78 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  49.49 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  49.65 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0118  porphobilinogen deaminase  50.32 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  49.3 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  48.45 
 
 		 317 aa  247  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  48.11 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  48.11 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  47.21 
 
 		 309 aa  248  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  46 
 
 		 306 aa  247  1e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  48.11 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  48.99 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  48.45 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  46.79 
 
 		 312 aa  246  4e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  48.11 
 
 		 310 aa  246  4e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  47.18 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  47.87 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  48.68 
 
 		 313 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  48.68 
 
 		 313 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  47.42 
 
 		 310 aa  245  8e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  48.11 
 
 		 322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  47.84 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  46.36 
 
 		 321 aa  243  3e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  49.14 
 
 		 313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  49.14 
 
 		 320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  45.9 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  49.14 
 
 		 320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  48.11 
 
 		 309 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  49.14 
 
 		 313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  47.67 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  49.14 
 
 		 318 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  48.61 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  46.71 
 
 		 317 aa  242  6e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  42.43 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  48.44 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  49.81 
 
 		 312 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  49.81 
 
 		 312 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  50.7 
 
 		 313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  41.56 
 
 		 308 aa  240  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  41.56 
 
 		 308 aa  240  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  45.36 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>