More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0551 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 322 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  95.96 
 
 		 322 aa  620  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  95.54 
 
 		 314 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  71.96 
 
 		 347 aa  457  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  67.51 
 
 		 318 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  67.92 
 
 		 318 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  69.58 
 
 		 313 aa  406  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  58.42 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  56.72 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  56.25 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  53.77 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  55.92 
 
 		 304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  57.67 
 
 		 308 aa  301  9e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  54.1 
 
 		 309 aa  298  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 		 309 aa  296  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  52.27 
 
 		 329 aa  295  8e-79  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  53.92 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 309 aa  293  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  53.25 
 
 		 317 aa  281  8.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  50.99 
 
 		 311 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  52.6 
 
 		 321 aa  278  6e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  56.23 
 
 		 316 aa  278  8e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  48.69 
 
 		 312 aa  275  9e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  48.37 
 
 		 312 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  51.48 
 
 		 309 aa  272  6e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  54.18 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 311 aa  272  6e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  47.85 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 318 aa  271  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  52.49 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  52.16 
 
 		 309 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  47.52 
 
 		 313 aa  265  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  46.62 
 
 		 317 aa  263  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  48.29 
 
 		 314 aa  262  6.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 320 aa  256  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 320 aa  256  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  48.17 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 320 aa  256  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  47.84 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  51.13 
 
 		 337 aa  256  5e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  47.84 
 
 		 320 aa  255  6e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  48.65 
 
 		 326 aa  255  6e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  47.84 
 
 		 320 aa  255  7e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  48.97 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  49.32 
 
 		 313 aa  251  9.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 313 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 309 aa  249  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  47.95 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  47.12 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  47.95 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  47.95 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  47.95 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  47.95 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  45.45 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  46.96 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  46.51 
 
 		 318 aa  245  8e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  47.26 
 
 		 313 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  45.85 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  46.26 
 
 		 309 aa  245  9e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  45.39 
 
 		 310 aa  245  9e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  45.92 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  45.67 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  47.6 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1936  porphobilinogen deaminase  50.18 
 
 		 308 aa  242  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0833928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  46.13 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 312 aa  242  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  45.33 
 
 		 310 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  46.26 
 
 		 310 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  46.26 
 
 		 310 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  44.59 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  47.26 
 
 		 351 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  46.67 
 
 		 313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  46.58 
 
 		 315 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  47.3 
 
 		 317 aa  239  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  45.58 
 
 		 315 aa  238  6.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  47.18 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  46.33 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  45.24 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  47.26 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  46.6 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0040  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  48.63 
 
 		 312 aa  236  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  46.94 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  44.67 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2786  porphobilinogen deaminase  47.33 
 
 		 312 aa  236  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  45.24 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  46 
 
 		 313 aa  235  8e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>