More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3630 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 313 aa  615  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  69.9 
 
 		 322 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  69.58 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  69.58 
 
 		 322 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  69.26 
 
 		 347 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  67.62 
 
 		 318 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  66.03 
 
 		 318 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  60.98 
 
 		 308 aa  328  6e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  56.58 
 
 		 309 aa  312  3.9999999999999997e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  54.79 
 
 		 314 aa  312  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 330 aa  310  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  56.13 
 
 		 321 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  53.77 
 
 		 325 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  53.95 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  54.75 
 
 		 309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  53.77 
 
 		 309 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 309 aa  297  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  52.96 
 
 		 318 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  53.8 
 
 		 314 aa  296  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  53.8 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  51.63 
 
 		 329 aa  296  4e-79  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  54.79 
 
 		 309 aa  291  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  54.97 
 
 		 309 aa  289  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  54.03 
 
 		 316 aa  289  4e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  54.36 
 
 		 316 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  54.97 
 
 		 309 aa  288  9e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  51.17 
 
 		 314 aa  286  2e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  54.51 
 
 		 307 aa  285  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  52.98 
 
 		 317 aa  278  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 320 aa  277  1e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 320 aa  277  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 320 aa  277  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 318 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 320 aa  276  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 318 aa  276  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  52.38 
 
 		 313 aa  276  5e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  51.66 
 
 		 320 aa  275  5e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  52.38 
 
 		 313 aa  276  5e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  51.83 
 
 		 322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  51.83 
 
 		 313 aa  272  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  51.5 
 
 		 313 aa  271  8.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  52.74 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  53.08 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  48.85 
 
 		 311 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 318 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  51.7 
 
 		 313 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  51.7 
 
 		 313 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  52.38 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  48.33 
 
 		 309 aa  266  5e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  51.19 
 
 		 313 aa  265  5.999999999999999e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  52.05 
 
 		 312 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  48.68 
 
 		 326 aa  264  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  47.7 
 
 		 309 aa  263  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  48.52 
 
 		 309 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  46.28 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  52.56 
 
 		 315 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  50.68 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  48.2 
 
 		 310 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 312 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  47.87 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  48.52 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  47.54 
 
 		 317 aa  258  9e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  51.2 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 312 aa  257  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  51.03 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  50.32 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  51.51 
 
 		 314 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  48.82 
 
 		 317 aa  256  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  50.17 
 
 		 313 aa  256  4e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  50.34 
 
 		 308 aa  255  7e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  49.33 
 
 		 313 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  44.63 
 
 		 308 aa  254  9e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  47.97 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 310 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 310 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  47.21 
 
 		 317 aa  252  6e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  45.79 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 310 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  49.66 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  50.51 
 
 		 313 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  49.83 
 
 		 313 aa  248  9e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  50.51 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  49.66 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  49.66 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  47.32 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  47.64 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  49.33 
 
 		 314 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  49.83 
 
 		 306 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  49.83 
 
 		 306 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>