More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3568 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 321 aa  637    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  57.78 
 
 		 325 aa  347  2e-94  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  55.81 
 
 		 329 aa  337  1.9999999999999998e-91  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  55.52 
 
 		 309 aa  317  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  55.52 
 
 		 309 aa  317  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  54.87 
 
 		 309 aa  310  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 		 311 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  55.34 
 
 		 316 aa  305  7e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 		 318 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  55.02 
 
 		 316 aa  301  9e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  54.78 
 
 		 318 aa  298  1e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  53.46 
 
 		 314 aa  296  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  56.13 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  53.9 
 
 		 304 aa  294  2e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  52.04 
 
 		 314 aa  293  4e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  54.34 
 
 		 318 aa  290  3e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  50.63 
 
 		 309 aa  288  9e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  52.92 
 
 		 307 aa  288  9e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 		 330 aa  285  8e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  53.05 
 
 		 308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  52.44 
 
 		 314 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  52.44 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  50.81 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  52.6 
 
 		 322 aa  278  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  50.32 
 
 		 309 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  50.48 
 
 		 309 aa  276  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  46.75 
 
 		 314 aa  266  4e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  52.84 
 
 		 317 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 		 337 aa  256  4e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  46.93 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  46.93 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  46.93 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  47.84 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  47.84 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  47.52 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  46.49 
 
 		 309 aa  252  7e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  47.68 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  45.9 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  46.43 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  46.58 
 
 		 318 aa  249  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  45.78 
 
 		 326 aa  249  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  46.58 
 
 		 320 aa  249  5e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  47.08 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  46.58 
 
 		 320 aa  249  5e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  46.58 
 
 		 320 aa  249  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  47.19 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  46.77 
 
 		 303 aa  248  8e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  46.58 
 
 		 318 aa  248  8e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  47.49 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  47.49 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  47.1 
 
 		 303 aa  248  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  46.43 
 
 		 309 aa  248  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  46.25 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  46.25 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  46.03 
 
 		 322 aa  247  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  45.78 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  44.37 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  45.31 
 
 		 312 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  44.69 
 
 		 317 aa  245  9e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  45.57 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  45.98 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  44.16 
 
 		 309 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  46.2 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  42.44 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  45.54 
 
 		 312 aa  242  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  45.13 
 
 		 310 aa  241  9e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  46.03 
 
 		 314 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  42.57 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  44.98 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  44.34 
 
 		 317 aa  241  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  43.46 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  46.41 
 
 		 313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  46.49 
 
 		 313 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1234  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 308 aa  238  6.999999999999999e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0387484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  43.95 
 
 		 309 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  42.57 
 
 		 313 aa  238  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  45.97 
 
 		 319 aa  238  9e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  44.81 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  45.77 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  45.72 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  47.18 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  41.88 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  42 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  42.76 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  42 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  48.72 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  45.66 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  44.19 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  43.51 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  46.1 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0040  porphobilinogen deaminase  55.8 
 
 		 321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  46.36 
 
 		 308 aa  236  6e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  43.77 
 
 		 313 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  47.08 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  42.21 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  43.89 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  43.04 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>