More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0220b on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 311 aa  629  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  83.55 
 
 		 312 aa  524  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  81.94 
 
 		 312 aa  515  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  79.48 
 
 		 317 aa  500  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  73.51 
 
 		 313 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  75.25 
 
 		 313 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  74.92 
 
 		 320 aa  456  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  74.59 
 
 		 320 aa  454  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  74.92 
 
 		 318 aa  455  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  74.92 
 
 		 320 aa  456  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  74.92 
 
 		 320 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  73.51 
 
 		 320 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  75.25 
 
 		 313 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  74.92 
 
 		 318 aa  455  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  73.84 
 
 		 313 aa  456  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  73.51 
 
 		 318 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  73.51 
 
 		 320 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  72.82 
 
 		 317 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  74.59 
 
 		 320 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  73.51 
 
 		 313 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  73.51 
 
 		 313 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  71.8 
 
 		 313 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 322 aa  450  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  72.19 
 
 		 313 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  71.38 
 
 		 313 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  72.03 
 
 		 310 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  71.05 
 
 		 313 aa  448  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  71.38 
 
 		 313 aa  450  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  71.8 
 
 		 310 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  71.8 
 
 		 310 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 310 aa  441  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 310 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  71.06 
 
 		 315 aa  441  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 310 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  73.18 
 
 		 313 aa  442  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 310 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 310 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 310 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  71.48 
 
 		 310 aa  443  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  72.17 
 
 		 326 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  70.78 
 
 		 309 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  70.55 
 
 		 309 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  69.48 
 
 		 309 aa  425  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  67.76 
 
 		 309 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  66.45 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  67.21 
 
 		 312 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  68.3 
 
 		 317 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  64.92 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  65.25 
 
 		 313 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  63.61 
 
 		 313 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  65.57 
 
 		 313 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  64.03 
 
 		 312 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  63.93 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  62.62 
 
 		 313 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  64.8 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  63.28 
 
 		 313 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  61.92 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  63.93 
 
 		 313 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  63.93 
 
 		 313 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  61.13 
 
 		 321 aa  382  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  62.38 
 
 		 351 aa  378  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  62.25 
 
 		 326 aa  376  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  63.91 
 
 		 316 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  60.54 
 
 		 319 aa  373  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  63.82 
 
 		 311 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  62.71 
 
 		 313 aa  372  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  61.92 
 
 		 308 aa  366  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  62.42 
 
 		 310 aa  365  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  64.01 
 
 		 315 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  60.66 
 
 		 309 aa  361  8e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  60.4 
 
 		 308 aa  358  6e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  58.25 
 
 		 310 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  57.01 
 
 		 339 aa  353  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  59.09 
 
 		 314 aa  346  3e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  54.08 
 
 		 345 aa  338  5e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 		 311 aa  337  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  52.57 
 
 		 345 aa  329  4e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  55.59 
 
 		 318 aa  328  6e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  55.96 
 
 		 318 aa  328  8e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  53.31 
 
 		 318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 		 334 aa  315  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  54.3 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  54.15 
 
 		 306 aa  315  7e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  53.31 
 
 		 318 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  51.78 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  53.31 
 
 		 318 aa  311  1e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  55.18 
 
 		 303 aa  309  4e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  55.38 
 
 		 338 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  55.38 
 
 		 338 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  53.85 
 
 		 334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  53.36 
 
 		 304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  53.4 
 
 		 310 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  53.02 
 
 		 313 aa  301  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  53.97 
 
 		 312 aa  301  1e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  55.15 
 
 		 310 aa  300  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  52.7 
 
 		 303 aa  299  5e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  55.81 
 
 		 310 aa  298  9e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2357  porphobilinogen deaminase  53.63 
 
 		 334 aa  297  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.206721  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  55.32 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  55.32 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>